ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ของคลอโรพลาสต์จีโนมและการตรวจแก้อาร์เอ็นเอใน ยูคาลิปตัส คามาลดูเลนซิส

Name: พฤทธิ์ ราชรักษ์

ThaSH: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ -- วิทยานิพนธ์. ปร.ด. (พันธุศาสตร์) 2566

Classification :.LCCS: QK495.M9

ThaSH: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. สาขาพันธุศาสตร์ -- วิทยานิพนธ์

ThaSH: ยูคาลิปตัส -- พันธุศาสตร์โมเลกุล

ThaSH: ยูคาลิปตัส -- แผนที่ยีน

ThaSH: จีโนม

ThaSH: อาร์เอ็นเอ

Abstract: ยูคาลิปตัส คามาลดูเลนซิส สายต้น T5ไม้ยืนต้นโตเร็วที่มีความสำคัญต่อประเทศไทย ทำการศึกษาลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์และการแก้ไขอาร์เอ็นเอ พบว่า ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ทั้งหมด 160,204 คู่เบส ซึ่งถูกแบ่งออกเป็นส่วน large single copy (LSC) จำนวน 88,904 คู่เบส ส่วน small single copy region (SSC) จำนวน 18,506 คู่เบส และส่วน inverted repeat regions (IR) จำนวน 26,397 คู่เบส ลำดับการเรียงตัวของยีนแสดงด้วยแผนที่จีโนมทั้งหมด 135 ยีน ประกอบไปด้วย 37 tRNAs, 10 rRNAs, 1 pseudogenes และยีนที่ทำหน้าที่ 87 ยีน จำนวน GC content ในจีโนมเท่ากับ 36.87 เปอร์เซ็นต์ ผลการเปรียบเทียบจีโนมของยูคาลิปตัส คามาลดูเลนซิส สายต้น T5 พบกระบวนการกลายพันธุ์ที่สำคัญคือ transition, transversion, indel insertion และ deletion ทั้งในส่วนของ coding, non-coding และ inverted repeat region ซึ่งพบเบสไทมีน (T) และเบสอะดินิน (A) มีบทบาทที่สำคัญในกระบวนการกลายดังกล่าว ซึ่งเป็นสาเหตุที่สำคัญต่อความผันแปรของลำดับนิวคลีโอไทด์และลักษณะการแสดงออกที่ส่งผลต่อวิวัฒนาการของจีโนม ผลการศึกษาการแก้ไขอาร์เอ็นเอ พบว่าโคดอน tUA, tUt, tUg และ Ugg ถูกแก้ไขมากที่สุดคิดเป็น 15.63, 12.50, 9.38 และ 9.38 เปอร์เซ็นต์ ตามลำดับ ผลของการแก้ไขดังกล่าวทำให้กรดอะมิโนซีรีนเปลี่ยนเป็นลิวซีนและฟีนิลอะลานีนมากที่สุด และส่งผลถึงคุณสมบัติทางเคมีของกรดอะมิโนซึ่งเปลี่ยนจากกลุ่มที่มีขั้ว (neutral amino acid) ไปเป็นกลุ่มที่ไม่มีขั้ว (aliphatic amino acid) และเปลี่ยนกลุ่มที่ชอบน้ำ (hydrophilicity) ไปเป็นกลุ่มที่ไม่ชอบน้ำ (hydrophobicity) ซึ่งส่งผลโดยตรงต่อองค์ประกอบและโปรตีนโดเมนของกรดอะมิโน เหตุการณ์เปลี่ยนแปลงนี้เป็นส่วนหนึ่งของการสะสมความผันแปรของโปรตีนโมเลกุลในจีโนม ซึ่งส่งผลต่อความผันแปรของโปรตีนที่ตอบสนองต่อการปรับตัวและเกี่ยวข้องต่อวิวัฒนาการในรุ่นถัดไป Eucalyptus camaldulensis, T5 clone, the excellent fast-growing tree plantation in Thailand, was analyzed for the complete chloroplast genome and RNA editing. The complete chloroplast genome revealed a total genome size of 160,204 bp that divided into a large single copy (LSC) (88,904 bp), and a small single copy region (SSC) (18,506 bp), by inverted repeat regions (IR) containing 26,397 bp. A circular mapping genome and gene order showed the circle antiparallel mapping gene of 135 genes in total; including 37 tRNAs, 10 rRNAs, 1pseudogene and 87 functional genes. GC content of the genome was 36.87 %. Genome comparative analysis of E. camaldulensis, T5 clone, revealed the significant point mutation comprised transition, transversion, indel insertion and deletion in coding, non-coding and inverted repeat region. The thymine (T) and adenine (A) are strongly involved with the mutation processes. These events are a point of mutation in the genome, which caused nucleotide variation and phenotypic evolution. The RNA editing showed the result of triplet codons; tUA, tUt, tUg and Ugg were the most frequently edited of 15.63%, 12.50%, 9.38% and 9.38%, respectively, causing the change of amino acids from serine to leucine and phenylalanine. Moreover, the physicochemical properties of amino acids were changed from polar (neutral amino acid) to non-polar (aliphatic amino acid), and from hydrophilic to hydrophobic amino acid. These changes are caused directly by amino acid components and protein domain formation. Its events might be the accumulation of protein variation in the genome causing phenotypic variation for plant adaptation and evolution in the next generation

มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. สำนักหอสมุด

Address: กรุงเทพมหานคร

Email: tdckulib@ku.ac.th

Name: ศุภชัย วุฒิพงศ์ชัยกิจ

Role: อาจารย์ที่ปรึกษาวิทยานิพนธ์หลัก

Name: อนงค์ภัทร สุทธางคกูล

Role: อาจารย์ที่ปรึกษาวิทยานิพนธ์ร่วม

Created: 2566

Modified: 2569-06-27

Issued: 2569-06-27

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

URL: https://www.lib.ku.ac.th/KUthesis/2566/phruet-rac-all.pdf

CallNumber: QK495.M9

tha

DegreeName: ปรัชญาดุษฎีบัณฑิต

Level: ปริญญาเอก

Descipline: พันธุศาสตร์

Grantor: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์

©copyrights มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	phruet-rac-all.pdf	2.64 MB

ใช้เวลา

0.027856 วินาที