ความสัมพันธ์ระหว่างขนาดประชากรอ้างอิงและค่าความแม่นยาของคุณค่าการผสมพันธุ์จีโนมของประชากรโคนมในภาคเหนือตอนบนของประเทศไทย

Relationship Between Reference Population Size and Accuracy of Genomic Breeding Values of Dairy Cattle Population in Upper Northern Thailand

Name: นริศรา เกิดสุข

ThaSH: โคนม -- ไทย (ภาคเหนือ)

ThaSH: จีโนม

ThaSH: การผสมเชื้อ

ThaSH: สัตวศาสตร์

Abstract: ค่าความแม่นยำ (Accuracy) ของการทำนานายคุณค่าการผสมพันธุ์เป็นค่าที่ส่งผลต่อต่อค่า ผลตอบสนองจากการคัดเลือก เนื่องจากการใช้ค่าคุณค่าการผสมพันธ์ที่ประเมินจากข้อมูลพันธุประวัติ ใช้ระชะเวลาในการเก็บข้อมูลค่อนข้างนาน จึงมีการนำข้อมูลระดับจีโนมมมาใช้เพื่อลดระยะเวลาและ เพิ่มความแม่นยำในการคัดเลือก ซึ่งปัจจัยสำคัญที่ส่งผลต่อค่าความแม่นยำของคุณค่าการผสมฬมพันธ์ จีโนม คือ ขนาดประชากรอ้างอิง (Reference Population Size) จำนวน SNPs และค่าอัตราพันธุกรรม ของลักษณะนั้นๆ วัตถุประสงค์ของการศึกษาครั้งนี้เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ของขนาดประชากร อ้างอิง ต่อความแม่นยำในการประเมินพันธุกรรมจีโนมของประชากรโคนมภาคเหนือตอนบน จาก การจำลองประชากรโดยใช้ข้อมูลของประชากรโคนมภาคเหนือตอนบนในอดีต (พ.ศ. 2495) ถึง ประชากรโคนมใน พ.ศ.2557 ประชากรอ้างอิงขนาดต่างๆ ซึ่งประกอบด้วย ประชากรอ้างอิงที่ทราบ ฟิโนไทป์ (Reference population H50 Calibration set: CS) และประชากรที่ไม่ทราบฟิโนไทป์ (Validation set: VS) ถูกจำลองขึ้นเพื่อประเมินคุณค่าการผสมพันธุ์ และวิเคราะห์ค่าความแม่นชำจาก สหสัมพันธ์ระหว่างคุณค่าการผสมพันธุ์ที่ประเมินได้ (EBV, GBV) กับคุณค่าการผสมพันธุ์จริง (TBV) ด้วยโมเดลตัวสัตว์ ภายใต้ลักษณะที่มีอัตราพันธุกรรม (h) 0.1,0.3 และ 0.5 และจำนวน SNPs 3K, 7K, 15K, 30K, 50K และ 60K ผลการวิเคราะห์พบว่า ที่ระดับอัตราพันธุกรรม 0.1 ค่าความแม่นยำที่ ประเมินได้มีแนวโน้มที่ไม่ชัดเจน ในขณะที่ค่าความแม่นยำของประชากรที่ทราบฟิโนไทป์ ที่ประเมินจากข้อมูลพันธุประวัติ ใน ระดับอัตราพันธุกรรม 0.3 และ 0.5 มีค่าความแม่นยำสูงสุดที่ขนาดประชากร 300 และ 200 เท่ากับ 0.721 และ 0.841 ตามลำดับ และข้อมูลจีโนมมีค่าความแม่นยำสูงสุดที่ขนาดประชากร 1,500 และ 1,500 เท่ากับ 0.751 และ 0.855 ตามลำดับ โดยค่าความแม่นขำที่ประเมินจากข้อมูลพันธุประวัติมี แนวโน้มต่ำกว่าค่าความแม่นยำที่ประเมินจากข้อมูลจีโนม อีกทั้งพบว่าค่าความแม่นยำของลักษณะที่มี ค่าอัตราพันธุกรรม 0.5 มีแนวโน้มสูงกว่า 0.3 และ 0.1 ตามลำดับ และพบว่าค่าความแม่นยำของ ประชากรที่ทราบฟิโนไทป์มีแนวโน้มสูงกว่าประชากรที่ไม่ทราบฟิโนไทป์ โดยค่าความแม่นยำของประชากรที่ไม่ทราบฟิโนไทป์ ที่ประเมินจากข้อมูลพันธุประวัติ ใน ระดับอัตราพันธุกรรม 0.3 และ 0.5 มีค่าความแม่นยำสูงสุดที่ขนาดประชากร 300 และ 200 เท่ากับ 0.483 และ 0.519 ตามลำดับ และข้อมูลจีโนมมีค่าความแม่นยำสูงสุดที่ขนาดประชากร 1,400 และ 1,500 เท่ากับ 0.554 และ 0.679 ตามลำดับ กล่าวได้ว่าในการคัดเลือกโดยประเมินจากคุณค่าการผสม พันธุ์จีโนม (GBV) มีค่าความแม่นยำดีกว่าคุณค่าการผสมพันธุ์ (EBV) และส่งผลให้เกิดความก้าวหน้า ทางพันธุกรรมสูงขึ้นอีกด้วย

Abstract: The accuracy of breeding value affects to the response to selection. Due to the estimation of breeding value (EBY) from pedigree took long period to collect the selection data, thus the genomic data were used to reduce duration of data collection and increase the accuracy of selection. The important factors which influents to the accuracy of genomic breeding value (GBV) were size of reference population, number of SNPs and heritability of the trait. The objectives this study were to analyze relationshup between reference population size and accuracy of genomic breeding values of dairy cattle population in Upper Northem Thailand. The data was simulated the reference population or calibration set ( CS), which the population were known phenotype. Furthermore, validation set (VS) was unknown phenotype population. Sumulation used information of dairy cattle population, during 1952 to 2015. Accuracy amalysis was used correlation between EBY, GBV and TBV, applying with animal model. The 0.1, 0.3 and 0.5 of heritabity and number of SNPs 3K, 7K, 15K, 30K, 50K and 60K were used to simulation. The results showed that the accuracy of GBV higher than EBV and the calibration set accuracy higher than validation set. In addion, the accuracy of low heritability trait is not remaining stable. The 100-1,500 of reference population size were estimated accuracy with SNPs at heritability of 0.3 and 0.5. The highest acy of calibration set estimated from pedigree data were 0.721 and 0.841 in 300 and 200 animals respectively. While, the highest accuracy estimated from genormic data were 0.751 and 0.855 in 1,500 and 1.500 animals respectively. However, the highest accuracy of validation set estimated from pedigree data were 0.483 and 0.519 in 300 and 200 animals respectively. Whereas, the highest accuracy estimated from genomic data were 0.554 and 0.679 in 1,400 and 1,500 animals respectively. Therefore, genomic selection was high accuracy of selection that affected to the genetic progress compared with conventional breeding.

มหาวิทยาลัยเชียงใหม่. สำนักหอสมุด

Address: เชียงใหม่

Email: cmulibref@cmu.ac.th

Name: ณัฐพล จงกสิกิจ

Role: อาจารย์ที่ปรึกษา

Name: จิรวัฒน์ พัสระ

Role: อาจารย์ที่ปรึกษา

Created: 2568

Modified: 2568-01-10

Issued: 2568-01-10

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

tha

DegreeName: วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Level: ปริญญาโท

Descipline: สัตวศาสตร์

Grantor: มหาวิทยาลัยเชียงใหม่

©copyrights มหาวิทยาลัยเชียงใหม่

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	560831010.pdf	3.88 MB

ใช้เวลา

0.027046 วินาที