การประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมและการจัดกลุ่มเชื้อพันธุกรรมข้าวโดยใช้เครื่องหมายเอสเอสอาร์และเอเอฟแอลพี

Genetic diversity assessment and clustering of rice germplasms classification using SSR and AFLP markers

Name: ภรณิภา โพธิ์ศิริ

ThaSH: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ -- วิทยานิพนธ์. วท.ม. (พันธุวิศวกรรม) 2559.

Classification :.LCCS: QK495.G74

ThaSH: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. -- สาขาพันธุวิศวกรรม -- วิทยานิพนธ์

ThaSH: ข้าว -- พันธุศาสตร์

ThaSH: เครื่องหมายพันธุกรรม

Abstract: การประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของข้าว โดยอาศัยเครื่องหมายทางสัณฐานวิทยาเพียงอย่างเดียว ไม่สามารถจัดจำแนกพันธุ์ข้าวออกเป็นกลุ่มได้ จึงจำเป็นต้องมีการนำเครื่องหมายดีเอ็นเอเข้ามาช่วยในการบ่งชี้ความแตกต่างทางพันธุกรรม การวิจัยครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมและจัดกลุ่มพันธุ์ข้าวโดยใช้เครื่องหมายเอสเอสอาร์จำนวน 160 ไพรเมอร์ และเครื่องหมายเอเอฟแอลพีจำนวน 19 คู่ไพรเมอร์ พันธุ์ข้าวที่นำมาประเมินประกอบด้วยข้าวจากกลุ่มอินดิกาจำนวน 15 พันธุ์ (CH1, CH4, CNT1, IR64, PSL2, RD31, SPR1, SPR3, SPR60, KDML105, JHN, SKN1, IR80151B, PTT1 และ Basmati370) ข้าวกลุ่มจาปอนิกาจำนวน 2 พันธุ์ (DOA1 และ DOA2) ข้าวกลุ่มจาวานิกาจำนวน 2 พันธุ์ (Azucena และ NPT20-4) และข้าวกลุ่มเนริกาจำนวน 2 พันธุ์(Nerica3 และ Nerica4) รวมทั้งหมด 21 พันธุ์พบว่า เครื่องหมายเอเอฟแอลพีสามารถจัดกลุ่มได้ดีกว่าเครื่องหมายเอสเอสอาร์ โดยวิเคราะห์ค่าสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงทางพันธุกรรมด้วยวิธี Dice และการจัดกลุ่มด้วยวิธี UPGMA สามารถจัดกลุ่มข้าวได้ 4 กลุ่ม คือกลุ่มที่ 1 ประกอบด้วยพันธุ์ Basmati370 และ Azucena กลุ่มที่ 2 ประกอบด้วยพันธุ์ Nerica3, Nerica4, DOA1 และ DOA2 กลุ่มที่ 3 ประกอบด้วยพันธุ์ CH1, CH4, CNT1, IR64, PSL2, RD31, SPR1, SPR3, SPR60, KDML105, JHN, SKN1, IR80151B และ PTT1 กลุ่มที่ 4 ได้แก่พันธุ์ NPT20-4 ซึ่งการจัดกลุ่มนี้สอดคล้องกับการจัดกลุ่มด้วยวิธี PCA ที่มีค่าความแปรปรวนรวมของ PCA1, PCA2 และ PCA3 เท่ากับ 42.26 เปอร์เซ็นต์ การจัดกลุ่มข้าวที่ถูกต้องสามารถนำไปเป็นพื้นฐานในการปรับปรุงพันธุ์ข้าวต่อไป Genetic diversity assessment based on morphological markers can not classify rice germplasms into clusters. Therefore, it is necessary to apply DNA markers for germplasms differentiation. The objectives of this study were to assess genetic diversity and classify rice germplasms into clusters using SSR marker with 160 primers and AFLP marker with 19 combinations of primers. The 21 rice varieties were 15 indica rice varieties (CH1, CH4, CNT1, IR64, PSL2, RD31, SPR1, SPR3, SPR60, KDML105, JHN, SKN1, IR80151B, PTT1 and Basmati370), 2 varieties from japonica rice (DOA1 and DOA2), 2 varieties from javanica rice (Azucena and NPT 20-4) and 2 varieties from nerica rice (Nerica3 and Nerica4). It was found that AFLP marker was more effective than SSR markers for clustering. Dice similarity coefficient and cluster analysis using UPGMA method could classify rice germplasm into 4 clusters. Cluster I included Basmati 370 and Azucena varieties, Cluster II included Nerica3, Nerica4, DOA1 and DOA2 varieties, Cluster III included CH1, CH4, CNT1, IR64, PSL2, RD31, SPR1, SPR3, SPR60, KDML105, JHN, SKN1, IR80151B and PTT1 varieties and cluster IV comprised NPT 20-4 variety. This clustering was relevant to the clustering using PCA method of which PCA1, PCA2 and PCA3 occupied total variation of 46.26 percent. The precised clustering of rice germplasm could be utilized as basic information for further rice breeding.

มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. สำนักหอสมุด

Address: กรุงเทพมหานคร

Email: tdckulib@ku.ac.th

Name: ธานี ศรีวงศ์ชัย

Role: อาจารย์ที่ปรึกษาวิทยานิพนธ์หลัก

Name: ศรีเมฆ ชาวโพงพาง

Role: อาจารย์ที่ปรึกษาวิทยานิพนธ์ร่วม

Created: 2559

Modified: 2566-05-16

Issued: 2566-05-16

วิทยานิพนธ์/Thesis

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

URL: https://kasetsart.idm.oclc.org/login?url=https://www.lib.ku.ac.th/KUthesis/2559/pornnipa-pho-all.pdf

CallNumber: QK495.G74 .ภ171

tha

DegreeName: วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Level: ปริญญาโท

Descipline: พันธุวิศวกรรม

Grantor: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์

©copyrights มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	pornnipa-pho-all.pdf	4.46 MB

ใช้เวลา

0.022001 วินาที