กษณะทางอณูชีวโมเลกุลของเชื้อ Ralstonia solanacearum ที่พบในประเทศไทย

Molecular characterization of Ralstonia solanacearum in Thailand

Name: วารุณี คงดวล

ThaSH: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ -- วิทยานิพนธ์. วท.ม. (โรคพืช) 2560

Classification :.LCCS: QR82.P78

ThaSH: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. สาขาโรคพืช -- วิทยานิพนธ์

ThaSH: ราลสโตเนีย โซลานาซิเอรัม

ThaSH: โรคเหี่ยวในพืช

Abstract: การจัดจำแนกเชื้อ Ralstonia solanacearum จำนวน 100 สายพันธุ์ที่แยกจากพืชชนิดต่าง ๆ ได้แก่ พริก มะเขือเปราะ ขิงและ มะเขือเทศ และจากแหล่งปลูกในภาคกลาง ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ภาเหนือ และภาคใต้ ของประเทศไทย จากนั้นนำมาจำแนก race และ biovar พบว่า เชื้อที่แยกได้จากพริก มะเขือเปราะ และมะเขือเทศ จัดอยู่ใน race 1 และเชื้อที่แยกได้จากขิง จัดอยู่ใน race 4 ซึ่งเชื้อทั้งหมดจัดอยู่ใน biovar 3 และ 4 เมื่อนําเชื้อทั้ง 100 สายพันธุ์ มาทดสอบความสามารถในการก่อให้เกิดโรคกับมะเขือเทศพันธุ์สีดาทิพย์ 4 โดยวิธีการตัดใบพบว่าเชื้อที่แยกได้จากพริก มะเขือเปราะ และมะเขือเทศ สามารถทำให้มะเขือเทศพันธุ์สีดาทิพย์ 4 เกิดโรคได้อย่างรวดเร็วและรุนแรงโดยแสดงอาการเหี่ยวหลังจากปลูกเชื้อไปแล้ว 48 ชั่วโมง แต่เชื้อที่แยกได้จากขิง ทำให้มะเขือเทศแสดงอาการเหี่ยวหลังจากปลูกเชื้อไปแล้ว 7 วัน จากนั้นทำการศึกษาลักษณะทางอณูชีวโมเลกุลของเชื้อ R. solanacearum ที่พบในประเทศไทยในระดับ division โดยใช้ไพรเมอร์ที่ออกแบบมาจากียน 16S rRNA ได้แก่ไพรเมอร์ DIV1F และ DIV1R ที่มีความเฉพาะเจาะจงกับ เชื้อที่จัดอยู่ใน division 1และไพรเมอร์ DIV2F และDIV2R ที่มีความเฉพาะเจาะจงกับ เชื้อใน division 2 ซึ่งพบในทวีปอเมริกา จากการศึกษาพบว่า เชื้อ R. solanacearum ทั้ง 100 สายพันธุ์ จัดอยู่ใน division 1 โดยตรวจพบแถบดีเอ็นเอขนาด 1,019 bp การจำแนกในระดับ phylotype ด้วยวิธี multiplex PCR โดยใช้ไพรเมอร์ที่ออกแบบมาจาก ITS region ที่อยู่ระหว่าง 16S rRNA gene และ 23S rRNA gene พบว่าเชื้อทั้ง 100 สายพันธุ์ที่นำมาศึกษาจัดอยู่ใน phylotype 1 ซึ่งเป็นเชื้อที่อยู่ใน biovar 3 และ 4 โดยตรวจพบแถบดีเอ็นเอขนาด 144 bp จากนั้นคัดเลือกตัวแทนเชื้อ R.solanacearum จำนวน 27 สายพันธุ์ ซึ่งจัดอยู่ใน division 1 และ phylotype 1และมีความแตกต่างของ race, biovar และแหล่งที่พบเชื้อมาหาความสัมพันธ์ทางด้านแผนภูมิวิวัฒนาการของเชื้อที่จัดอยในระดับู่division และphylotype โดยนำลำดับนิวคลีโอไทด์มาเปรียบเทียบกับข้อมูลเชื้อที่มีอยู่ใน Genbank พบว่า เชื้อ R. solanacearum ทั้ง 27 สายพันธุ์ที่คัดเลือกมาศึกษานั้นถูกจัดอยู่ใน cluster เดียวกัน และพบว่าไม่มีความแตกต่างแสดงให้เห็นว่าเชื้อเหล่านี้ไม่มีความผันแปรทางด้านพันธุกรรม One hundred isolates of Ralstonia solanacearum were isolated from different hosts such as chilli, eggplant, ginger and tomato collected from different fields in central, north-east, north and south Thailand. The isolates from chilli, eggplant and tomato belong to race 1, while the ones from ginger belong to race 4. All isolates were identified in biovar 3 or 4. They were further test for severity on tomato cv. Seedathip 4 by leaf clipping technique. They all showed high severity and caused wilting symptom after inoculation for 48 hr. However, tomatoes inoculated with ginger isolates showed wilting symptom after inoculation for 7 days. All 100 isolates were molecularly characterized in division using two primer sets designed from 16S rRNA gene. The first one was DIV1F and DIV1R primers specific to R. solanacearum in division 1. The second one was DIV2F and DIV2R primers specific to R. solanacearum in division 2 normally found in America continent. All 100 isolates belonged to division 1 with 1,019 bp PCR product. To characterize R. solanacearum in phylotype by multiplex PCR, primers were designed from ITS region located between 16S rRNA and 23S rRNA genes. All of them belonged to phylotype 1 with 144 bp PCR product. Of 100 isolates, 27 isolates were selected according to race, biovar and source of inoculum for phylogenetic tree analysis of R. solanacearum isolates classified in division and phylotype. Partial nucleotide sequences of 16S rRNA gene (1,019 bp) for isolates in division 1 and ITS region (144 bp) for isolates in phylotype 1 were compared with sequences submitted in GenBank. All 27 selected isolates were grouped in the same cluster and had high sequence identity in both 16S rRNA gene and ITS region. It indicated that they had no genetic variability among them.

มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. สำนักหอสมุด

Address: กรุงเทพมหานคร

Email: tdckulib@ku.ac.th

Name: ชลิดา เล็กสมบูรณ์

Role: อาจารย์ที่ปรึกษาวิทยานิพนธ์หลัก

Name: อรวรรณ ชัชวาลการพาณิชย์

Role: อาจารย์ที่ปรึกษาวิทยานิพนธ์ร่วม

Created: 2560

Modified: 2566-05-12

Issued: 2566-05-12

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

URL: https://kasetsart.idm.oclc.org/login?url=https://www.lib.ku.ac.th/KUthesis/2560/varunee-kon-all.pdf

CallNumber: QR82.P78.ว27

tha

DegreeName: วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Level: ปริญญาโท

Descipline: โรคพืช

Grantor: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์

©copyrights มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	varunee-kon-all.pdf	4.09 MB

ใช้เวลา

0.039009 วินาที