Molecular characterization of Rotaviruses detected in pediatric patients with Acute Gastroenteritis in Chiang Mai, Thailand

การตรวจหาคุณลักษณะเฉพาะในระดับโมเลกุลของเชื้อไวรัสโรตาที่พบในผู้ป่วยเด็กที่มีอาการกระเพาะอาหารและลำไส้อักเสบแบบเฉียบพลันในจังหวัดเชียงใหม่ ประเทศไทย

Name: Nutthawadee Jampanil

LCSH: Rotavirus infections -- Chiang Mai

LCSH: Rotaviruses

LCSH: Virus diseases

Abstract: Rotaviruses (RVs) are the major viruses that cause acute gastroenteritis in children younger than 5 years, especially in developing countries in Asia and Africa. The objectives of this study were to investigate the prevalence and genotype distribution of group A rotaviruses (RVAs) circulating in children with acute gastroenteritis in Chiang Mai, Thailand in 2018 and 2019 before the implementation of RVA vaccine in the childhood immunization programme in 2020. A total of 1,170 stool specimens were collected from children admitted to hospitals with acute gastroenteritis in Chiang Mai and screened for RVA by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). The RVA genotypes were determined by multiplex PCR with genotype specific primers or nucleotide sequencing. The nucleotide sequences were analyzed for their genetic relationship with other reference strains in GenBank database by phylogenetic analysis. Out of 1,170 stool specimens, 209 (17.9%) were positive for RVA. The identification of RV genotypes revealed wide variety of G and P genotype combinations. It was found that RVA genotype G9P[8] (24.4%) was detected as the most dominant genotype, followed by G3P[8] (22.9%), G8P[8] (22.0%), GIP[8] (16.7%), G2P[4] (6.7%), GIP[6] (2.3%), G1P[4] (1.0%), G3P[4] (1.0%),G9P[4] (1.0%), mixed infections of G1P[4]+G1P[8] (1.0%), and GXP[8] (0.5%). Moreover, this study was detected the uncommon RVA strain G3P[10] (0.5%) bearing bat-like RVA genome. In conclusion, this study demonstrates the prevalence and genetic diversity of RVA genotypes in children with acute gastroenteritis in Chiang Mai. The knowledge obtained from this study is useful for understanding the epidemiology of rotavirus before the introduction of RVA vaccine in Thailand. In addition, the emergence of uncommon G-P combination RVA strains provides an important evidence for interspecies transmission of human and animal rotaviruses.

Abstract: ไวรัสโรตา (rotavirus) เป็นสาเหตุของโรคกระเพาะอาหารและลำไส้อักเสบแบบเฉียบพลัน โรคนี้เป็นสาเหตุหลักของการเสียชีวิตในเด็กที่อายุต่ำกว่า 5 ปี โดยเฉพาะอย่างยิ่งในประเทศที่กำลัง พัฒนาแถบทวีปแอฟริกาและเอเชีย วัตถุประสงค์ของการวิจัยในครั้งนี้คือเพื่อศึกษาระบาดวิทยาและ การกระจายตัวของสายพันธุ์ของเชื้อไวรัสโรตาในเด็กที่เข้ารับการรักษาในโรงพยาบาลในจังหวัด เชียงใหม่ ด้วยอาการกระเพาะอาหารและลำไส้อักเสบเฉี่ยบพลันในปีพ.ศ. 2561 และ 2562 ก่อนที่จะมี การนำวัคซีนไวรัสโรตามาใช้ในแผนงานสร้างเสริมภูมิคุ้มกันในประเทศไทยในปีพ.ศ. 2563 โดยทำ การเก็บตัวอย่างอุจจาระจำน วน 1,170 ตัวอย่างจากเด็กที่เข้ารับการรักษาในโรงพยาบาลด้วยอาการ กระเพาะอาหารและลำไส้อักเสบแบบเฉียบพลันในโรงพยาบาลในจังหวัดเชียงใหม่ แล้วนำมา ตรวจหาสารพันธุกรรมของเชื้อไวรัสโรตากลุ่มเอ (group A rotavirus) โดยวิธี reverse transcription- polymerase chain reaction (RT-PCR) และนำไวรัสโรตากลุ่มเอที่แยกได้มาจัดจำแนกสายพันธุ์ ออกเป็น G และ P จีโนไทป์ ด้วยวิธี muliplex PCR โดยใช้ไพรเมอร์ที่มีความจำเพาะต่อจีโนไทป์ หรือจัดจำแนกโดยการนำไปศึกษาลำดับนิวคลีโอไทด์ และทำการวิเคราะห์หาความสัมพันธ์ทาง พันธุกรรมของตัวเชื้อเทียบกับเชื้อมาตรฐานในฐานข้อมูล GenBank โดยวิธี phylogenctic analysis ผลการศึกษาพบเชื้อไวรัสโรตากลุ่มเอในเด็กที่มีอาการกระเพาะอาหารและลำไส้อักเสบแบบ เฉียบพลันจำนวนทั้งสิ้น 209 ตัวอย่งจากทั้งหมด 1,170 ตัวอย่าง คิดเป็นร้อยละ 17.9 และจาก การศึกษาเพื่อจัดจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อไวรัสโรตา พบว่าเชื้อมีความหลากหลายของ G และ P จีโน ไทป์ โดย G9P[8] มีความชุกสูงที่สุดคิดเป็นร้อยละ 24.4 ถัดมาคือ G3P[8] ร้อยละ 22.9 ตามมาด้วย G8P[8] ร้อยละ 22.0, GIP[8] ร้อยละ 16.7, G2P[4] ร้อยละ 6.7, G1P[6] ร้อยละ 2.3, ส่วนสายพันธ์ G1P[4], G3P[4] และ G9P[4] แต่ละสายพันธ์มีความชุกร้อยละ 1.0 และนอกจากนี้ขังตรวจพบการติด เชื้อร่วม (mixed-infecion) ของเชื้อไวรัสสายพันธุ์ G1 ร่วมกับ P[4] และ P[8] ร้อยละ 1.0 และพบเชื้อ สายพันธุ์ P[8] ที่ไม่สามารถระบุ G จีโนไทป์ ร้อยละ 0.5 นอกจากนี้การศึกษาในครั้งนี้ยังตรวจพบ ไวรัสโรตาสายพันธุ์ G3P[10] ร้อยละ 0.5 ซึ่งเป็นสายพันธุ์ที่มีสารพันธุกรรมความคล้ายคลึงกับสาร พันธุกรรมของเชื้อไวรัสโรตาที่เคยมีรายงานในค้างคาว โดยสรุป การศึกษาในครั้งนี้ทำให้ทราบข้อมูล ทางด้านระบาดวิทยาในระดับโมเลกุลของเชื้อไวรัสโรตาที่ก่อให้เกิดโรคกระเพาะอาหารและลำไส้ อักเสบแบบเฉียบพลันในเด็ก ในจังหวัดเชียงใหม่ ข้อมูลที่ได้ทำให้ทราบการกระจายตัวของเชื้อไวรัส โรตาก่อนที่จะมีการนำวัคซึนป้องกันการติดเชื้อไวรัสโรตามาใช้ในแผนงานสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรค ให้กับเด็กในประเทศไทย นอกจากนี้ข้อมูลการตรวจพบเชื้อที่มี G และ P จีโนไทป์ ที่พบไม่บ่อยในคน แสดงให้เห็นถึงความเป็นไปได้ของการติดเชื้อข้ามสายพันธุ์ระหว่างเชื้อไวรัสโรตาในคนและสัตว์

Chiang Mai University. Library

Address: CHIANG MAI

Email: cmulibref@cmu.ac.th

Name: Leera Kittigul

Role: Chairman

Name: Pattara Khamrin

Role: Member

Name: Kattareeya Kumthip

Role: Member

Name: Kattareeya Kumthip

Role: Member

Created: 2021

Modified: 2022-10-05

Issued: 2022-10-02

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Microbiology

Grantor: Chiang Mai University

©copyrights Chiang Mai University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	610731007.pdf	6.41 MB	12	2026-05-26 18:16:01

ใช้เวลา

0.039465 วินาที