Genomic Functional Annotation in Spirulina platensis Through Phylogenetic Profiling (I)

การหาหน้าที่ให้กับยีนในจีโนมของ Spirulina platensis โดยใช้วิธี Phylogenetic Profiling (I)

Name: Shinnawat Leekitcharoenphon

keyword: Spirulina platensist

Abstract: Phylogenetic profiling is a non-homology based method for inferring functions to functionally linked proteins that co-evolved together. Most of the available tools are web-based and not applicable for constructing the profile for all the genes in a given genome at once, hampering gene annotation processes. To overcome the drawback of the existing tools, a stand-alone automated tool has been developed to accelerate analysis of the phylogenetic profile of Spirulina platensis and any microbial genome with high degree of accuracy and less time-consuming. The algorithm of the tool relies on the presence and absence of the homologous genes across known genomes, which are identified based on whole genome reciprocal BLAST best hit. The tool automatically clusters the homologous genes with the same profile and produces the output in the form of files containing genes in the same clusters with confidence value, facilitating the function inference for the uncharacterized proteins. Prediction accuracy of the method is dependent on the distance of reference organisms in the evolutionary tree.

Abstract: Phylogenetic profiling เป็นหนึ่งในวิธี non-homology based method ซึ่งใช้สำหรับการทำนายหน้าที่ของโปรตีนที่มีหน้าที่ สัมพันธ์กัน (functionally linked proteins) เนื่องจากโปรตีนเหล่านี้มีวิวัฒนาการมาด้วยกัน (co-evolved) โปรแกรม สำหรับสร้าง phylogenetic profile ที่มีส่วนใหญ่เป็นโปรแกรมบนอินเทอร์เน็ทและไม่สามารถสร้างและวิเคราะห์ phylogenetic profile ของยีนได้ทั้งจีโนมได้ในครั้งเดียวกันดังนั้นเพื่อที่จะแก้ปัญหาเหล่านี้ โปรแกรมอัตโนมัติแบบ stand-alone ได้ ถูกพัฒนาขึ้นเพื่อใช้ในการวิเคราะห์ phylogenetic profile ของยีนทั้งจีโนมของ Spirulina platensis และจีโนมของจุลินทรีย์ อื่นๆ ด้วยความถูกต้องแม่นยำและช่วยลดเวลาในการหาหน้าที่ให้กับโปรตีน อัลกอริทึมของโปรแกรมอาศัยคุณสมบัติการปรากฎและ ไม่ปรากฎของยีนในจีโนมของสิ่งมีชีวิตอื่นๆ ซึ่งสามารถตรวจวัดได้โดยวิธี reciprocal BLAST best hit โปรแกรมทำการจัดกลุ่ม โปรตีนที่มีคุณสมบัติของการปรากฎและไม่ปรากฎที่เหมือนกันอยู่ในกลุ่มเดียวกัน และส้รางไฟล์ซึ่งประกอบไปด้วยยีนที่อยู่ ในกลุ่มเดียวกัน รวมทั้งคำนวณค่าความเชื่อมั่นในแต่ละกลุ่มยีนด้วย หน้าที่ของยีนที่ยังไม่ทราบหน้าที่สามารถทำนายได้ จากยีนที่ทราบหน้าที่ภายในกลุ่มเดียวกัน แต่ปัจจัยหนึ่งในการวิเคราะห์ด้วยวิธี phylogenetic profiling ได้อย่างมี ประสิทธิภาพนั้นขึ้นอยู่กับความใกล้และไกลใน evolutionary tree ของจีโนมอิงอ้าง (reference genome)

King Mongkut's University of Technology Thonburi. KMUTT Library.

Address: BANGKOK

Email: info.lib@mail.kmutt.ac.th

Name: Kalyanee Paithoonrangsarid

Role: Advisor

Created: 2008

Modified: 2012-02-07

Issued: 2009-12-13

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: BIF54

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Bioinformatics

Grantor: King Mongkut's University of Technology Thonburi

©copyrights King Mongkut's University of Technology Thonburi

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	BIF54.pdf	1.96 MB	58	2026-05-26 18:16:01
2	BIF54ab.pdf	19.45 KB	28	2026-05-26 18:16:01

ใช้เวลา

0.039406 วินาที