Web Application for Visualizing Results from Various HaplotypeInference Tools

โปรแกรมบนเว็บเพื่อเปรียบเทียบผลที่แตกต่างกันจากโปรแกรมค้นหาแฮปโลไทด์

Name: Yotsawat Pomyen

Name: ยสวัต ป้อมเย็น

keyword: Microarray

Abstract: Thailand Single Nucleotide Polymorphism (SNP) discovery project is currently in the process of finding single nucleotide variations in the genome of Thai population. From the given SNPs presented in the database, one important goal in the human genetics research is to find relationships between SNPs and multifactorial diseases. Linkage Disequilibrium (LD) becomes an important measure to observe the differentiation of affected genetic markers frequencies, which deviate from those of normal. Looking at them as a block, called haplotype block, increase the statistical power in detecting the association. There are number of tools available for haplotype inference, but most of them take input and produce output in different formats, difficulties in putting different types of raw data and comparing different text output format files are occurred. This work, which is a part of Thai SNP Database project, produced a web application that contains format input adaptor for various haplotype inference tools. This work also proposes a unified output file format of the haplotype results from the tools used in this study and two Scalable Vector Graphic (SVG) file formats generated from proposed output file. The pictures will illustrate the SNPs, haplotypes and haplotype blocks that inferred from each tool in user-friendly and comparable graphical form. These tools will facilitate high-throughput association studies when high number of SNPs and samples are being used to discover disease risks and evolution in Thai populations by helping scientists reduce time of input preparation and output format conversion and also see differences of haplotypes from multiple tools clearer.

Abstract: โครงการทำฐานข้อมูล Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) ของประเทศไทยกกำลังอยู่ในขั้นตอนการค้นหาความแตกต่าง แบบนิวคลีโอไทด์เดี่ยวในข้อมูลพันธุกรรมของประชากรไทยจากข้อมูล SNP ที่ปรากฎอยู่ในฐานข้อมูล..เป้าหมายอย่างหนึ่งของ การวิจัยทางด้านพันธุศาสตร์มนุษย์คือการหาความสัมพันธ์ระหว่าง SNP และโรคที่เกิดจากหลายปัจจัยรวมกันโดย Linkage Disequilibrium (LD) เป็นตัววัดสำคัญที่ใช้ตรวจความถี่ที่แตกต่างของตัวชี้วัดทางพันธุกรรมซึ่งมีค่าต่างไปจากปกติ การมองตัวชี้วัดเหล่านั้นเป็น กลุ่มที่เรียกว่ากลุ่มแฮปโลไทด์จะเพิ่มนัยสำคัญทางสถิติในการค้นหาความสัมพันธ์ ปัจจุบันมีโปรแกรมจำนวนมากที่ใช้ในการหา แฮปโลไทด์เหล่านั้นแต่โปรแกรมส่วนใหญ่รับและส่งข้อมูลในรูปแบบที่ต่างกัน ความยุ่งยากในการเตรียมข้อมูลเริ่มต้นและการ เปรียบเทียบผลที่แตกต่างกันของแต่ละโปรแกรมจึงเกิดขึ้น วัตถุประสงค์ในการศึกษาครั้งนี้ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโครงการฐาน ข้อมูล SNP ของไทยคือการสร้างโปรแกรมบนเว็บที่มีตัวแปลงรูปแบบของข้อมูลนำเข้าของโปรแกรมค้นหาแฮปโลไทด์หลายโปร แกรม ในงานยังเสนอรูปแบบข้อมูลผลลัพธ์ที่เป็นแบบเดียวกันและรูปภาพแบบ Scalable Vector Graphic (SVG) ที่สร้างขึ้นจาก รูปแบบของข้อมูลที่นำเสนอในงานนี้ ภาพที่สร้างขึ้นนี้จะแสดง SNP แฮปโลไทด์และกลุ่มของแฮปโลไทด์ที่ค้นหาได้จากแต่ละ โปรแกรมในรูปแบบที่สะดวกกับผู้ใช้และสามรถเปรียบเทียบกันได้ โปรแกรมบนเว็บนี้จะช่วยในการศึกษาความสัมพันธ์ของกลุ่ม ตัวอย่างจำนวนมากเพื่อค้นหาความสัมพันธ์ของความเสี่ยงในการเกดโรคกับ SNP และการศึกษาวิวัฒนาการของประชากรไทยโดย ลดเวลาในการเตรียมข้อมูลนำเข้าและแปลงข้อมูลผลลัพธ์ รวมถึงช่วยให้เห็นคว่มแตกต่างของแฮปโลไทด์ได้ดีขึ้น

King Mongkut's University of Technology Thonburi. KMUTT Library.

Address: BANGKOK

Email: info.lib@mail.kmutt.ac.th

Name: Kanokwan Poomputsa

Role: Advisor

Created: 2007

Modified: 2012-02-07

Issued: 2009-11-07

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: BIF43

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Bioinformatics

Grantor: King Mongkut's University of Technology Thonburi

©copyrights King Mongkut's University of Technology Thonburi

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	BIF43.pdf	2.22 MB	109	2021-07-31 23:03:21
2	BIF43ab.pdf	170.07 KB	36	2020-03-24 20:44:13

ใช้เวลา

0.03564 วินาที