แจ้งเอกสารไม่ครบถ้วน, ไม่ตรงกับชื่อเรื่อง หรือมีข้อผิดพลาดเกี่ยวกับเอกสาร ติดต่อที่นี่ ==>
หากไม่มีอีเมลผู้รับให้กรอก thailis-noc@uni.net.th
หากไม่มีอีเมลผู้รับให้กรอก thailis-noc@uni.net.th
Araree Jirapornanan. Development of Enzyme Kinetic Module Tool for Enzymatic Reaction Rate Prediction. Master's Degree(Bioinformatics). King Mongkut's University of Technology Thonburi. Library. : King Mongkut's University of Technology Thonburi, 2004.
Development of Enzyme Kinetic Module Tool for Enzymatic Reaction Rate Prediction
นิวรอลเน็ตเวิร์คโมดูลสำหรับการทำนายค่าอัตราความเร็วของปฏิกิริยาของเอนไซม์
Computational analysis of mutational sequence variance in VPI capsid protein of polyomavirus
การคำนวณคะแนนทางสถิติเพื่อทำนายตำแหน่งของกรดอะมิโนซึ่งมีการอนุรักษ์ข้ามวิวัฒนาการในโปรตีน
Name: Araree Jirapornanan
Organization :
King Mongkut's University of Technology Thonburi. School of Bioresources and Technology and School of Information Technology. Bioinformatics
keyword:
Hybrid Model
;
Enzymes
Abstract:
Hybrid model of glycolysis pathway of Saccharomyces cerevisiae was constructed by
inserting neural network into mass balance equations. The performance of hybrid model
was tested by comparing results which are concentrations of metabolites to the results of
the original model derived from the work of J.L Galazzo and J.E. Bailey (1990). Two
networks representing enzyme reaction rate simulators for two enzymes,
Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (GAPDH) and Phosphofhctokinase
(PFK), were constructed. The proposed networks were designed to have five nodes in
input layer for five variables; glucose (Glc), Glucose 6-phosphate (G6P), fructose-1,6-
diphosphate (FDP), phosphoenol pyruvate (PEP), and Adenosine triphosphate (ATP);
and one node in output layer for reaction rate of an enzyme. The concentrations of
metabolites and enzyme reaction rates of GAPDH and PFK as function of time obtained
fiom the original model were used as training data for two networks, respectively. The
trained networks were used to construct three hybrid models; first with the network of
enzyme GAPDH, second with the network of enzyme PFK, and third with two networks
of both enzymes. Mean square errors of results between the original and hybrid models
were obtained in the range between 3.36~o1V 4to 7.561~0 -lo. The sensitivity analysis
was performed by increasing and decreasing 10% and 20% of the initial concentrations
of metabolites and mean square errors were obtained in the range between 1.69~10t-o~
4.32~10-I. This work has provided the evidence for the potential of using hybrid
approach for biological systems modeling such as cellular dynamics which are smaller
scale.
Abstract:
วิทยานิพนธ์ฉบับนี้ได้ทำการทดลองสร้างแบบจำลองแบบ Hybrid ของ Glycolysis pathway ของยีสต์
โดยรวมนิวรอลเน็ตเวิร์คเข้ากับสมการมวลรวมของระบบ (Mass Balance Equation) และได้ทดสอบ
ประสิทธิภาพของแบบจำลองแบบ Hybrid โดยเปรียบเทียบค่าความเข้มข้นของผลิตผลซึ่งเป็นผลลัพท์จาก
แบบจำลองแบบ Hybrid และแบบจำลองต้นแบบ เน็ตเวิร์คทั้งสองสร้างขึ้นเพื่อใช้ในการทำนายค่าอัตรา
ความเร็วของปฎิกิริยาของเอนไซม์สองชนิดคือ เอนไซม์ Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase และ
Phosphofructokinase โดยเน็ตเวิร์คทั้งสองมีโครงสร้างแบบเดียวกันและข้อมูล
ซึ่งป้อนเข้าสู่เน็ตเวิร์คแต่ละอันคือความเข้มข้นของผลิตผลทั้งห้าคือ 1. Glucose [Gle] 2.Glucose 6-
phosphate 3. Fructose-1,6-diphosphate 4. phosphoenol pyruvate 5. Adenosine triphosphate
ข้อมูลซึ่งใช้สำหรับการเรียนรู้ของเน็ตเวิร์คแต่ละอันสร้างขึ้นโดย
แบบจำลองต้นแบบ คือความเข้มข้นของผลิตผลและค่าอัตราความเร็วของปฎิกิริยาของเอนไซม์ GAPDH
และ PEK ที่ขึ้นกับเวลา แบบจำลองแบบ Hybrid ที่สร้างขึ้นจากเน็ตเวิร์คที่ผ่านการเรียนรู้แล้วมีทั้งหมดสาม
แบบด้วยกัน แบบที่หนึ่งและสองสร้างขึ้นโดยใช้เน็ตเวิร์คของเอนไซม์ GAPDH , PEK ตามลำดับ
แบบที่สามสร้างขึ้นโดยใช้เน็คเวิร์คของเอนไซม์ทั้งสอง ค่าความผิดพลาด (mean square error) จากการ
ทดสอบประสิทธิภาพของแบบจำลองแบบ Hybrid มีค่าอยู่ระหว่าง 3.36x10-4 ถึง 7.56x10-10 และค่า
ความผิดพลาดเมื่อได้ทำการทดลองเพิ่มและลดค่าเริ่มต้นของผลิตผลเป็นปริมาณ 10 % และ 20 % มีค่าอยู่
ระหว่าง 1.69x10-9 ถึง 4.32x 10-1 วิทยานิพนธ์ฉบับนี้ได้พิสูจน์ให้เห็นถึงความเป็นไปได้ในการใช้
แบบจำลองแบบ Hybrid เพื่อสร้างแบบจำลองด้านชีววิทยาของเซลล์ (Cellular Dynamics) ซึ่งเป็นระดับที่
มีความละเอียดมากขึ้นได้เป็นอย่างดี
Abstract:
VPI major capsid protein of polyomavirus has recently attracted much attention as
pharinaceutical carriers for DNA vaccination because of its ability to form the virus-like
particle without VP2/3 minor capsid proteins. To use VPl protein as particle-based
vaccine, understanding of the capsid's properties at molecular level is required. One
remaining problem is the assembly mechanism to form the capsid. This project aimed to
find out the residues of VPl capsid protein that are important to assembly function of
polyomavirus. The residues should be conserved throughout the evolution and show
high evolutionary conservation score. Mutation on the residues should result in
degradation of capsid formation. The conservation score for each arnino acid of lsva
protein, a VPl protein of simian virus 40; ldzl protein, Ll protein of human
papillomavirus 16; and lvps protein, polyomavirus VPI pentalner complexed; were
calculated based on amino acid frequency and replacements through evolutionary period
by using PAM250 scoring matrix. Conserved residues were analyzed whether they are
related to assembly function by checking the results of point mutations done on VPI
protein before. The conservation scores calculated based on both concepts are required
to define the highly conserved residues, some of which are consistent to the residues
informed by literature. The conservation scores calculated here is an alternative to
suggest positions to experimentalists for sequence modifications in order to study the
assembly process. In the long tenn, this study would lead to improvement of virus-like
particle transport properties.
Abstract:
โปรตีน VPI ซึ่งเป็นโปรตีนหลักในโครงสร้างเปลือกห่อหุ้ม ของไวรัสโพลีโอมาเป็นที่
รู้จักในการประยุกต์ใช้เพื่อเป็นวัคซีนบรรทุกดีเอ็นเอ เนื่องจากความสามารถในการ
สร้างเปลือกห่อหุ้มซึ่งมีลักษณะโครงสร้างเช่นเดียวกับอนุภาคของไวรัสโพลีโอมาในธรรมชาติ
โดยไม่ต้องมีโปรตีนเสริม เพื่อการประยุกต์ใช้ดังกล่าวนี้ ความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับคุณสมบัติของ
โปรตีน VP1 ในระดับโมเลกุลจำเป็นอย่างยิ่ง หนึ่งในโจทย์ที่มีความพยายาม เพื่อทำความเข้าใจอย่างมาก
คือกระบวนการสร้างเปลือกห่อหุ้ม วิทยานิพนธ์ฉบับนี้มีจุดประสงค์เพื่อจะระบุตำแหน่งของกรดอะมิโนในโปรตีน
VP1 ซึ่งมีความเกี่ยวข้องกับกระบวนการสร้างเปลือกห่อหุ้มของไวรัสโพลีโอมา ตำแหน่งของกรดอะมิโนควร
จะมีการอนุรักษ์ข้ามวิวัฒนาการและมีคะแนนการอนุรักษ์ค่อนข้ามสูง การกลายพันธุ์ ที่เกิดขึ้น ณ ตำแหน่งเหล่านี้
มีความเป็นไปได้ อย่างมากที่จะลดการสร้างเปลือกห่อหุ้มของไวรัส ในที่นี้ได้ทำการคำนวณคะแนนการอนุรักษ์
สำหรับกรดอะมิโนทุกตำแหน่งของโปรตีนสามชนิด คือ โปรตีน 1sva ซึ่งเป็นโปรตีน VP1 ของ Simian virus
40 โปรตีน 1dzl ซึ่งเป็นโปรตีน L1 ของ human papillomavirus 16 และโปรตีน 1vps ซึ่งเป็นโปรตีน VP1
ของไวรัสโพลีโอมา โดยมีหลักเกณฑ์ในการคำนวณคะแนนการอนุรักษ์สองแบบคือ ความถี่และการกลายพันธุ์
ของกรดอะมิโน ณ ตำแหน่งที่พิจารณา ตำแหน่งซึ่งมีคะแนนการอนุรักษ์สูงจะได้นำมาสืบค้นต่อไปถึงความ
เกี่ยวข้องในกระบวนการสร้างเปลือกห่อหุ้ม โดยการรวบรวมข้อมูลการกลายพันธุ์ของโปรตีน VP1 ซึ่งได้
เคยมีการทดลองมาก่อนแล้ว วิธีการระบุตำแหน่งของกรดอะมิโนเช่นนี้เป็นอีกทางเลือกหนึ่ง ซึ่งให้ข้อมูลทาง
สถิติอันเป็นประโยชน์ต่อการตัดสินใจของนักวิจัยเพื่อจะได้ทำการทดลองกลายพันธุ์โปรตีน VP1 เพื่อศึกษษ
กระบวนการสร้างเปลือกห่อหุ้มต่อไป และในที่สุด นำไปสู่การปรับปรุงคุณสมบัติของวัคซีนบรรทุกดีเอ็นเอนั่นเอง
King Mongkut's University of Technology Thonburi. Library
Address:
BANGKOK
Email:
info.lib@mail.kmutt.ac.th
Name: Anan Tongta
Role:
Advisor
Name: Kanokwan Poomputsa
Role:
Advisor
Name: Thomas Huber
Role:
Advisor
Created:
2004
Modified:
2008-06-04
Issued:
2008-03-03
วิทยานิพนธ์/Thesis
application/pdf
CallNumber:
BIF1
eng
DegreeName: Master of Science
Level: Master's Degree
Descipline: Bioinformatics
©copyrights King Mongkut's University of Technology Thonburi
RightsAccess:
ใช้เวลา
0.048914 วินาที
Araree Jirapornanan
| Title | Contributor | Type |
|---|---|---|
| Development of Enzyme Kinetic Module Tool for Enzymatic Reaction Rate Prediction
มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี Araree Jirapornanan | Anan Tongta Kanokwan Poomputsa Thomas Huber | วิทยานิพนธ์/Thesis |
Anan Tongta
Kanokwan Poomputsa
Thomas Huber
| Title | Creator | Type and Date Create |
|---|---|---|
| Development of Enzyme Kinetic Module Tool for Enzymatic Reaction Rate Prediction
มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี Anan Tongta;Kanokwan Poomputsa;Thomas Huber | Araree Jirapornanan | วิทยานิพนธ์/Thesis |