ชีววิทยาเชิงระบบสำหรับสืบค้นกลไกการตอบสนองต่อการอักเสบในเซลล์แมคโครฟาจของหนู

Systems biology for inveatigating the mechanism of inflammatory response in murine macrophage

Name: พิทักษ์ สูตรอนันต์

Organization : มหาวิทยาลัยบูพา. คณะวิทยาศาสตร์

Name: กล่าวขวัญ ศรีสุข

Organization : มหาวิทยาลัยบูพา. คณะวิทยาศาสตร์

keyword: ชีววิทยาเชิงระบบ

; สาขาวิทยาศาสตร์เคมีและเภสัช

; เซลล์แมคโครฟาจ

Abstract: เซลล์แมคโครฟาจ RAW264.7 ที่ถูกกระตุ้นด้วย LPS เป็นโมเดลที่ถูกใช้ในการศึกษากลไกการอักเสบ ซึ่งมีหลายกลุ่มวิจัยได้นำมาใช้เป็นโมเดลในการศึกษาสารออกฤทธิ์ต้านการอักเสบ โดยอาศัยเทคโนโลยีไมโครอาร์เรย์ที่สามารถนำมาใช้ในการตรวจวัดการตอบสนองของยีนทั้งหมดภายในเซลล์ในช่วงเวลาเดียวกัน ซึ่งข้อมูลที่ได้จากการตรวจวัดระดับของ mRNA ภายในข้อมูลไมโครอาร์เรย์ที่มีการศึกษากันเป็นจำนวนมากนั้นถูกรวบรวมไว้ในฐานข้อมูลสาธารณะ ข้อมูลไมโครอาร์เรย์เหล่านี้สามารถนำมาใช้ในการศึกษาด้วยเครื่องมือทางชีวสารสนเทศหรือการศึกษาทางด้านชีววิทยาเชิงระบบ เพื่อค้นหากลไกการตอบสนองการอักเสบของเซลล์แมคโครฟาจอย่างเป็นระบบได้ เครื่องมือที่สำคัญที่นำมาใช้ในการวิจัยครั้งนี้ได้แก่ เครื่องมือทางชีวสารสนเทศที่เกี่ยวข้องกับการคัดเลือกยีน การสร้างเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ของการแสดงออกร่วม การสร้างเครือข่ายการควบคุมการแสดงออกของยีน การบูรณาการข้อมูลทางชีวภาพ รวมถึงการแปลผลทางชีวภาพ เพื่อทำการค้นหาเครือข่ายย่อยและชุดยีนที่น่าสนใจซึ่งมีการตอบสนองต่อการอักเสบ จากผลการคัดเลือกทำให้ได้ยีน SOCS3 ที่ผ่านยืนยันผลในระดับห้องปฏิบัติการโดยการตรวจวัดระดับการแสดงออกด้วยเทคนิค real-time PCR ซึ่งยีน SOCS3 นี้เป็นยีนที่จะแสดงออกเป็นโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการควบคุมในเชิงลบของการตอบสนองในระบบภูมิคุ้มกัน กล่าวโดยสรุปนั้นชีววิทยาเชิงระบบสามารถนำมาใช้ในการค้นหาองค์ความรู้ใหม่ภายใต้การวิเคราะห์ข้อมูลขนาดใหญ่ที่ไม่สามารถวิเคราะห์ได้ภายใต้วิธีการพื้นฐานทั่วไป ซึ่งนำไปสู่การค้นพบกลุ่มยีนใหม่จากชุดข้อมูลไมโครอาร์เรย์ที่ทำให้สามารถนำมาสร้างโมเดลเพื่อทำความเข้าใจกลไกในระดับโมเลกุลของการตอบสนองการอักเสบได้

Abstract: Macrophage RAW264.7 stimulated with LPS is a model to learn about the mechanism of inflammation. It was used by several research groups for testing anti-inflammatory compounds by using microarray technology. This technique can simultaneously detect the response on whole cell in interesting condition by measurement of mRNA levels. There was a huge of submitted microarray datasets of LPS-stimulated macrophage in public database. These data can be used for analysis with several bioinformatics tools or system biology approach to investigate the mechanism of inflammatory response in murine macrophage. Gene selection, co-expression network, gene regulatory network, biological data integration, and biological interpretation techniques were used in this study for finding some interested modules and their responsive genes. One selected inflammatory responsive gene, SOCS3, has already validated with real-time PCR to measure its expression level on time-series. SOCS3 is gene that encoded for suppressor of cytokine signaling protein which is negative regulator of immune responses. In conclusion, system biology can be used to discovered more knowledge which are concealed under a huge of data that cannot be found by conventional methods. This leads to find a novel responsive gene from the traditional public microarray data that make a new model for understanding the mechanism of inflammatory response.

มหาวิทยาลัยบูรพา. สำนักหอสมุด

Address: ชลบุรี

Email: buulibrary@buu.ac.th

Name: ได้รับเงินอุดหนุนการวิจัยงบประมาณเงินรายได้ (เงินอุดหนุนจากรัฐบาล) งบประมาณปี 2557

Role: ผู้ให้ทุน

Created: 2557

Modified: 2560-07-13

Issued: 2560-07-11

งานวิจัย/Research report

application/pdf

tha

©copyrights มหาวิทยาลัยบูรพา

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	2560_023.pdf	21.74 MB	46	2026-05-26 18:16:01

ใช้เวลา

-0.959423 วินาที