Classification of oysters genera crassostrea, saccostrea and striostrea in Thailand utilizing RAPD markers

การจำแนกประเภทหอยนางรมสกุล Crassostrea สกุล Saccostrea และสกุล Striostrea ในประเทศไทยโดยใช้เครื่องหมายอาร์เอพีดี

Name: Piti Amparyup

LCSH: Oysters -- Classification

LCSH: Crassostrea

LCSH: Species diversity

LCSH: Genetic markers

LCSH: Saccostrea

LCSH: Striostrea

Abstract: Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis was used to determine levels of genetic diversity and to identify species-specific markers of five oyster species in Thailand; Crassostrea belcheri (Sowerby, 1871), C.iredalei (Faustino, 1932), Saccostrea cucullata (Born, 1778), S.forskali (Gmelin, 1791) and Striostrea (Parastriostrea) mytiloides (Lamarck, 1819). Five of 103 screened decanucleotide primers (OPA09, OPB01, OPB08, UBC210 and UBC220), were selected for the genetic analysis of oysters in Thailand. Two hundred and fifty-four reproducible and polymorphic fragments (200-2500 bp in length) were generated across investigated species. A total of 193, 192, 174, 192 and 181 genotypes was observed from each respective primer. The percentages of polymorphic bands were 52.23%, 74.67%, 97.69%, 99.40% and 98.50% for C.belcheri, C.iredalei, S.cucullata, S.forskali and S.mytiloides, respectively. Genetic differences between samples from different species were higher than those within the same species. A neighbor-joining tree indicated distant relationships between Crassostrea and Saccostrea oysters but closer relationships were observed within each genus. Ten, five and two species-specific markers were found in C.belcheri, C.iredalei, and S.cucullata, respectively. Three C.belcheri-specific RAPD fragments were cloned and sequenced. A pair of primer set was designed from each recombinant clones (pPACB1, pPACB2 and pPACB3). The PCR products showed expected product sizes of 536 bp, 600 bp and 506 bp, respectively. The sensitivity of detection using pPACB-1F/R, pPACB-2F/R and pPACB-3F/R primers reached approximately 30 pg of C.belcheri total DNA template. Specificity of pPACB1F/R primers was examined against 203 individuals of indigenous oyster species in Thailand, an ingroup (S.commercialis) and an outgroup (Perna viridis) references. Results indicated species-specific nature of pPACB1F/R primers to C.belcheri in Thailand.

Abstract: ในการวิเคราะห์ความหลากหลาย และการค้นหาเครื่องหมายทางพันธุกรรม ที่จำเพาะกับหอยนางรมในประเทศไทย 5 ชนิด คือ Crassostrea belcheri (Sowerby, 1871) C.iredalei (Faustino, 1932) Saccostrea cucullata (Born, 1778) S.forskali (Gmelin, 1791) และ Striostrea (Parastriostrea) mytiloides (Lamarck, 1819) ด้วยเทคนิคอาร์เอพีดี โดยการคัดเลือกไพรเมอร์ซึ่งมีขนาด 10 นิวคลีโอไทด์ จำนวน 103 ไพรเมอร์ พบว่ามี 5 ไพรเมอร์ คือ OPA09 OPB01 OPB08 UBC210 และ UBC220 สามารถนำไปใช้ในการวิเคราะห์ลักษณะทางพันธุกรรมของหอยนางรมในประเทศไทย จากการวิเคราะห์ด้วยเทคนิคอาร์เอพีดี โดยใช้ 5 ไพรเมอร์ พบว่า สามารถให้รูปแบบของแถบดีเอ็นเอเหมือนเดิมเมื่อทำซ้ำ และให้ความหลากหลายของแถบดีเอ็นเอ จำนวนทั้งหมด 254 แถบ ซึ่งมีขนาดอยู่ในช่วง 200-2500 คู่เบส โดยแต่ละไพรเมอร์สามารถให้รูปแบบของจีโนไทป์ทั้งหมดเป็น 193 192 174 192 และ 181 จีโนไทป์ ตามลำดับ เมื่อคำนวณเปอร์เซนต์ความหลากหลายของแถบดีเอ็นเอใน C.belcheri C.iredalei S.cucullata S.forskali และ S.mytiloides พบว่า มีเปอร์เซนต์ความหลากหลายของแถบดีเอ็นเอ เท่ากับ 52.23% 74.67% 97.69% 99.40% และ 98.50% ตามลำดับ เมื่อวิเคราะห์หาค่าความแตกต่างทางพันธุกรรม พบว่า ค่าความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างสปีชีส์มีค่าสูงกว่าภายในสปีชีส์เดียวกัน และจากการสร้างแผนภูมิความสัมพันธ์ในเชิงวิวัฒนาการ โดยใช้วิธี neighbor-joining พบว่าสามารถแยกหอยนางรมในสกุล Crassostrea และ Saccostrea ออกจากกัน และพบว่าภายในหอยนางรมสกุลเดียวกันจะมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกัน จากการค้นหาเครื่องหมายทางพันธุกรรม ที่จำเพาะกับหอยนางรม 5 ชนิดในประเทศไทย พบว่า มีแถบดีเอ็นเอที่จำเพาะต่อ C.belcheri จำนวน 10 แถบ ต่อ C.iredalei จำนวน 5 แถบ และต่อ S.cucullata จำนวน 2 แถบ และได้คัดเลือกแถบดีเอ็นเอที่จำเพาะกับ C.belcheri จำนวน 3 แถบ เพื่อนำมาโคลน และหาลำดับเบส (pPACB1, pPACB2 และ pPACB3) จากนั้นได้ออกแบบแต่ละคู่ของไพรเมอร์ จำนวน 3 คู่ ที่ได้จากแต่ละโคลน เพื่อนำไปใช้เพิ่มปริมาณดีเอ็นเออย่างจำเพาะด้วยเทคนิคพีซีอาร์ พบว่า ผลิตผลพีซีอาร์ที่ได้ มีขนาด 536 คู่เบส 600 คู่เบส และ 506 คู่เบส ตามลำดับเมื่อตรวจสอบความไวจากแต่ละคู่ของไพรเมอร์ พบว่าสามารถตรวจดีเอ็นเอของ C.belcheri ที่มีความเข้มข้นได้น้อยถึง 30 พิโคกรัม จากนั้นได้คัดเลือกไพรเมอร์ pPACB-1F/R มาใช้ตรวจสอบความจำเพาะกับ C.belcheri กับตัวอย่างทั้งหมด จำนวน 203 ตัวอย่าง ซึ่งประกอบด้วยหอยนางรมในประเทศไทยทุกชนิดที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้ หอยนางรม S.commercialis จากประเทศออสเตรเลีย และหอยแมลงภู่ Perna viridis จากผลการทดลอง พบว่าคู่ของไพรเมอร์ pPACB-1F/R สามารถให้เครื่องหมายพันธุกรรมที่จำเพาะต่อ C.belcheri ในประเทศไทย

Chulalongkorn University. Office of Academic Resources

Address: BANGKOK

Email: cuir@car.chula.ac.th

Name: Anchalee Tassanakajon

Role: advisor

Name: Sirawut Klinbunga

Role: advisor

Created: 1999

Modified: 2560-07-04

Issued: 2017-07-03

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

ISBN: 9743346821

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Biochemistry

Grantor: Chulalongkorn University

©copyrights Chulalongkorn University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	Piti_Am_front.pdf	1.14 MB	13	2026-05-26 18:16:01
2	Piti_Am_ch1.pdf	1.71 MB	15	2026-05-26 18:16:01
3	Piti_Am_ch2.pdf	1.28 MB	13	2026-05-26 18:16:01
4	Piti_Am_ch3.pdf	2.76 MB	12	2026-05-26 18:16:01
5	Piti_Am_ch4.pdf	1.39 MB	12	2026-05-26 18:16:01
6	Piti_Am_ch5.pdf	708.56 KB	12	2026-05-26 18:16:01
7	Piti_Am_back.pdf	4.43 MB	12	2026-05-26 18:16:01

ใช้เวลา

0.087162 วินาที