Degenerate primer designing system for gene biodiversity study using dynamic pattern matching

ระบบออกแบบดีเจเนอเรตไพรเมอร์เพื่อการศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพของยีนโดยใช้การจับคู่แบบรูปพลวัต

Name: Weeris Treeratanajaru

LCSH: Biodiversity

LCSH: Variation (Biology)

LCSH: Molecular biology -- Technique

LCSH: Gene biodiversity

LCSH: Degenerate primer

LCSH: Dynamic pattern matching

ThaSH: ความหลากหลายทางชีวภาพ

ThaSH: ความผันแปร (ชีววิทยา)

ThaSH: ชีวโมเลกุล -- เทคนิค

Abstract: Degenerate primer design for studying biodiversity is a difficult step in molecular biology. The primers must be specific to the gene. Choosing the right primers are somewhat difficult and sometimes led to mismatching. Several primer design systems have been developed to overcome this problem. In this study, the Dynamic Pattern Matching technique has been developed and applied to find bacterial universal primers and specific primers for Glycoside Hydrolase Family 45 genes. Aligned sequences from test sets are entered into the system which consists of three steps: data reformation, primer design, and property filtering. First, degenerate and consensus sequences are calculated using statistical models. The results are combined with Gibbs Free Energy to design and select the most appropriate sequences as a series of primer sets. Moreover, users can also adjust their own criteria for each primer set. The results indicate that the degenerate primers designed by our proposed system are proved to be positive.

Abstract: ในทางอณูชีววิทยา การออกแบบดีเจนเนอเรทไพรเมอร์เพื่อศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพเป็นขั้นตอนที่ยาก ไพรเมอร์ต้องมีความเฉพาะเจาะจงกับยีนที่ต้องการศึกษา การเลือกไพรเมอร์ที่เหมาะสมนั้นเป็นเรื่องยาก และบางครั้งยังนำไปสู่การจับคู่แบบผิดตำแหน่ง ระบบออกแบบไพรเมอร์จำนวนมากถูกพัฒนาขึ้นเพื่อแก้ไขปัญหานี้ ในการศึกษาครั้งนี้ได้พัฒนาและประยุกต์ใช้การจับคู่แบบรูปพลวัตเพื่อค้นหายูนิเวอร์แซลไพรเมอร์ของแบคทีเรียและไพรเมอร์ที่เฉพาะเจาะจงต่อกลุ่มยีนไกลโคไซด์ ไฮโดรเลส กลุ่มที่ 45 โดยการจัดเรียงลำดับสารพันธุกรรมและส่งเข้าสู่ระบบ ซึ่งแบ่งเป็น 3 ขั้นตอน ได้แก่ การจัดเรียงข้อมูลใหม่ การออกแบบไพรเมอร์ และการคัดกรองคุณสมบัติ ขั้นแรกคือการคำนวนลำดับดีเจนเนอเรทและลำดับคอนเซนซัสโดยใช้แบบจำลองทางสถิติ จากนั้นใช้ผลที่ได้ร่วมกับค่าพลังงานอิสระของกิบส์เพื่อออกแบบและเลือกลำดับที่เหมาะสมที่สุด เพื่อใช้เป็นลำดับของไพรเมอร์ นอกจากนี้ ผู้ใช้ยังสามารถปรับแต่งคุณสมบัติต่างๆของไพรเมอร์ได้ จากผลการทดลองพบว่า ดีเจนเนอเรทไพรเมอร์ที่ออกแบบจากระบบนี้สามารถใช้งานได้จริง

Chulalongkorn University. Office of Academic Resources

Address: BANGKOK

Email: cuir@car.chula.ac.th

Name: Rajalida Lipikorn

Role: advisor

Email : Rajalida.L@Chula.ac.th

Name: Supawin Watcharamul

Role: co-advisor

Email : supawin.w@chula.ac.th

Created: 2011

Modified: 2016-10-06

Issued: 2016-10-06

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

URL: http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/36099

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Computer Science and Information

Grantor: Chulalongkorn University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	weeris_tr.pdf	2.62 MB	7	2023-02-20 14:13:38

ใช้เวลา

-0.98091 วินาที