Protein function prediction in spirulina platensis based on conserved gene cluster detection

การทำนายหน้าที่ของยีนใน Spirulina platensis โดยวิธีการค้นหากลุ่มของยีนที่มีการอนุรักษ์ตำแหน่งบนจีโนม

Name: Apiluck Musigkain

Name: อภิลักษณ์ มุสิกอินทร์

keyword: Spirulina platensis

Abstract: Gene neighborhood is genome context based annotation for inferring function to functionally linked protein that maintain in local proximity location on genome. This thesis implied the phylogenetic information to detect the significantly conserved gene cluster in S. platensis C1 genome. The method can overcome the inequality of genome sequencing data distribution on public database. The conservation of each candidate gene would be calculated with nearby upstream and downstream gene and significant of conservation was weighted by presence and absence of orthologous gene cluster in distant related species in phylogenetic tree. The thesis reports 1,226 of 6,360 genes of S. platensis were organized into 434 conserved gene clusters. The 165 of 330 hypothetical genes in detected cluster can be assigned function directly as functionally linked with the annotated gene in the same cluster. The biological functions of the remaining hypothetical genes were provided via the contextual information of nearby gene in the cluster. Comparing detected gene cluster with the result of operon detection reveals the gene cluster detection by phylogeny-based method in this work is better than operon detection in the term of detecting a large and complex gene cluster.

Abstract: วิธีการค้นหากลุ่มของยีนที่มีการอนุรักษ์ตำแหน่งบนจีโนมเป็นวิธีการหนึ่งที่สามารถนำมาใช้ในการ ทำนายหน้าที่และการทำงานของยีนได้โดยพิจารณาจากหน้าที่ของยีนที่ถูกจัดอยู่ในกลุ่มเดียวกัน ซึ่ง ยีนเหล่านี้จะถูกอนุรักษ์ผ่านกระบวนการทางวิวัฒนาการให้มีตำแหน่งที่ใกล้เคียงกันเพื่อรักษาหน้าที่ และการทำงานหรือเพื่อทำหน้าที่ร่วมกันได้อย่างมีประสิทธิภาพ ดังนั้นในงานวิจัยนี้ได้นำข้อมูลเชิง วิวัฒนาการมาประยุกต์ใช้เพื่อค้าหาและแสดงระดับนัยสำคัญของกลุ่มของยีนที่ถูกอนุรักษณ์ไว้ในจีโนม ของ S. platensis C1 เพื่อทำนายหน้าที่ของยีนที่ยังไม่กำหนดหน้าที่จากข้อมูลของยีนที่ถูกอยู่ใน กลุ่มเดียวกัน วิธีนี้สามารถลดความผิดพลาดของการจัดกลุ่มของยีนเนื่องจากการประมาณค่าระดับ นัยสำคัญเกินความเป็นจริง ซึ่งปัญหานี้เกิดจากความไม่สม่ำเสมอของการกระจายตัวของข้อมูลจีโนม ในกลุ่มของสิ่งมีชีวิตต่างๆ ค่าระดับนัยสำคัญของกลุ่มของยีนจะถูกคำนวณจากยีนที่สนใจร่วมกับยีนที่ มีตำแหน่งติดกันทั้งยีนก่อนหน้าและยีนที่ถัดไปด้านหลัง ระดับความอนุรักษ์ของกลุ่มยีนจะถูกให้ คะแนนตามระยะห่างของสิ่งมีชีวิตบนแผนผังแสดงวิวัฒนาการที่มีกลุ่มของยีนที่พิจารณาปรากฏอยู่ ผลที่ได้จากงานวิจัยนี้พบว่ามียีนจำนวน 1,226 ยีนจากทั้งหมด 6,360 ยีน ที่ได้รับการอนุรักษ์ไว้ใน จีโนมของ S. platensis C1 และสามารถจัดกลุ่มได้ 434 กลุ่ม ซึ่งในจำนวนนี้มียีนที่ยังไม่ทราบหน้าที่ ทั้งหมด 330 ยีน และมี 165 ยีน ที่สามารถทำนายหน้าที่ของยีนว่ามีหน้าที่เกี่ยวข้องกับยีนที่ถูกจัดไว้ใน กลุ่มเดียวกันได้โดยตรง ในขณะที่หน้าที่ของยีนที่เหลือต้องพิจารณาจากยีนหลายยีนที่อยู่ในกลุ่มเมื่อทำการเปรียบเทียบผลที่ได้ กับผลที่ได้จากการค้นหากลุ่มของยี่นที่เป็น operon พบว่าการนำข้อมูลเชิงวิวัฒนาการมาใช้สามารถ ค้นหากลุ่มของยีนที่มีขนาดใหญ่และซับซ้อนได้ดีกว่าการหากลุ่มของยีนโดยวิธีอื่น

King Mongkut's University of Technology Thonburi. KMUTT Library

Address: BANGKOK

Email: info.lib@mail.kmutt.ac.th

Name: Chinae Thammarongtham

Role: Advisor

Created: 2011

Modified: 2555-11-08

Issued: 2012-11-08

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: BIF84

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Bioinformatics

Grantor: King Mongkut's University of Technology Thonburi

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	BIF84.pdf	5.13 MB	25	2026-05-26 18:16:01
2	BIF84ab.pdf	63.64 KB	16	2026-05-26 18:16:01

ใช้เวลา

0.036816 วินาที