Genotype-phenotype relationship in [beta]-thalassemiaHB E disease

การศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างจีโนไทป์และการแสดงออกของโรคที่แตกต่างกันในผู้ป่วยเบต้าธาลัสซีเมียฮีโมโกลบินอี

Name: Wattanan Makarasara

MeSH: beta-Thalassemia

MeSH: Epistasis Genetic

MeSH: Genetic Association Studies

MeSH: Hemoglobin E

Abstract: β-thalassemia/Hb E disease is one of the most common thalassemias in Southeast Asia. Patients with compound heterozygote for Hb E and β mutant alleles display remarkable variability in clinical expression, ranging from nearly asymptomatic to severe, transfusion-dependent disease. It is believed that additional genetic factors modifying disease severity may account for this variability. Data mining techniques were applied to a previous genome-wide association study of β0- thalassemia/Hb E patients with either mild or severe disease severity. The strongest association to disease severity was observed in the β-globin cluster. High density-SNP mapping of β-globin cluster suggested two distinct linkage disequilibrium (LD) blocks. Within large LD block, 52% of patients showed high heterozygosity. Three tagSNPs of β-globin cluster were identified as biomarkers for prediction of disease severity with 81% classification accuracy. A novel algorithm for gene-gene interaction analysis called parallel haplotype configuration reduction (pHCR) was proposed. Gene-gene interaction analysis suggested the interaction between DEPDC2, PIK3C2A and HBS1L which was previously reported as quantitative trait loci (QTLs) associated to Hb F levels. Lastly, the expression of α-hemoglobin stabilizing protein (AHSP), as a candidate genetic modifier gene, was explored. No association between AHSP expression and disease severity was observed. However, the result suggested that the modulation of AHSP expression level was due to several polymorphisms within the AHSP gene.

Abstract: ธาลัสซีเมียฮีโมโกลบินอีเป็นโรคทางพันธุกรรมซึ่งผู้ป่วยที่มีความผิดปกติชนิดเดียวกัน พบว่ามีการแสดงออกถึงความรุนแรงของโรคที่หลากหลาย โดยไม่สามารถอธิบายถึงสาเหตุของการ แสดงออกของโรคที่แตกต่างกันได้ โครงการวิจัยนี้ได้นำข้อมูลความหลากหลายทางพันธุกรรม จำนวน 110,000 ตำแหน่งทั่วทั้งจีโนมของผู้ป่วยเบต้าธาลัสซีเมียฮีโมโกลบินอีมาเปรียบเทียบความถี่ ในผู้ป่วยที่มีอาการรุนแรงของโรคแตกต่างกัน จากการศึกษาพบว่า β-globin cluster เป็นบริเวณที่มี ความถี่จีโนไทป์แตกต่างกันมากที่สุดระหว่างผู้ป่วยทั้งสองกลุ่มและมีแบบแผนการถ่ายทอดไป ด้วยกัน (Linkage disequilibrium) ทั้งสิ้นสองบริเวณ นอกจากนี้พบว่าผู้ป่วยที่มีจีโนไทป์ชนิด heterozygote ในบริเวณดังกล่าวมีมากถึง 52% นอกจากนี้สามารถคัดเลือกตัวแทนแบบแผนของจีโน ไทป์ทั้งสิ้น 3 ตำแหน่ง ซึ่งสามารถใช้เป็นตัวจำแนกความรุนแรงของโรคในผู้ป่วยเบต้าธาลัสซีเมีย ฮีโมโกลบินอีได้ถูกต้องถึง 81% นอกจากนี้ทางผู้วิจัยได้นำเสนอระเบียบวิธี Parallel Haplotype Configuration Reduction (pHCR) ใช้ในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างยีนวิธีใหม่ โดยนำเอาข้อมูล haplotype มาทำการวิเคราะห์หาปฏิสัมพันธ์ของยีน จากการวิเคราะห์บ่งชี้ปฏิสัมพันธ์ระหว่างยีน DEPDC2 ,PIK3C2A และ HBS1L ซึ่งผลการวิจัยก่อนหน้าพบว่าเกี่ยวข้องกับระดับฮีโมโกลบินเอฟ ที่แตกต่างกัน การศึกษาระหว่างกลุ่มผู้ป่วยที่มีความรุนแรงของโรคแตกต่างกันไม่พบความแตกต่าง ของปริมาณการแสดงออกของยีน AHSP อย่างไรก็ตามจีโนไทป์ที่แตกต่างกันของยีน AHSP พบว่ามี ความแตกต่างในปริมาณการแสดงออกของยีน AHSP ที่แตกต่างกัน

Mahidol University. Mahidol University Library and Knowledge Center

Address: NAKHONPATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Rutaiwan Tohtong

Role: Thesis Advisors

Created: 2008

Modified: 2553-07-24

Issued: 2010-07-24

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: TH W251g 2008

eng

DegreeName: Doctor of Philosophy

Level: Doctoral Degree

Descipline: Biochemistry

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4737876.pdf	5.68 MB	33	2020-02-16 16:48:24

ใช้เวลา

0.222454 วินาที