Contribution of HBS1L gene on Hb F level in [beta]-ThalassemiaHb E

ผลของยีน HBS1L ต่อปริมาณฮีโมโกลบินเอฟในผู้ป่วยเบต้าธาลัสซีเมียฮีโมโกลบินอี

Name: Pandit Riyaz Ahmad

LCSH: beta-Thalassemia

LCSH: Exons

LCSH: Fetal Hemoglobin

LCSH: Polymorphism Single Nucleotide

Abstract: β-thalassemia is a monogenic disease that occurs from the defective β- globin chain synthesis. Excessive unpaired α-globin chains precipitate in erythroid precursor results in premature cell death. An increase in fetal hemoglobin (HbF) reduces the globin chain imbalance, consequently improving thalassemic symptoms. Genome-wide SNP search revealed 5 significant SNPs in HBS1L gene associated with severity of β-thalassemia / Hb E patients. Previous quantitative trait locus study showed that HBS1L gene and the nearby genes may be involved with the high Hb F production. This work aims to identify the SNPs in HBS1L gene located on the chromosome 6q23 that may be responsible for the elevated Hb F in β thalassemia. Direct sequencing of all exons including exon-intron junctions of 16 mild and 14 severe β-thalassemia/Hb E cases was performed. A Total of 22 SNPs and a 5 bp deletion near the 4th intron-exon junction were discovered. Haplotype analysis showed that SNPs 3 to 12 were in linkage disequilibrium. Because of the presence of ApaL1 restriction site, SNP 7 was selected for genotyping in 295 mild and 180 severe cases using PCR-RFLP method. The results revealed that C/C genotype of SNP 7 in mild cases was higher than that in severe cases and the allele frequency between mild and severe cases was significantly different (p = 0.002). Although XmnI polymorphism on the position of -158 Gγ-globin gene seems to have a stronger effect on Hb F level than SNP 7 polymorphism of HBS1L gene, the latter has been shown to have a modulating effect on Hb F level when Xmn1 genotype is -/-.

Abstract: โรคเบต้าธาลัสซีเมียเป็นโรคทางพันธุกรรมที่เกิดจากความผิดปกติของการสังเคราะห์สาย เบต้าโกลบิน สายอัลฟ่าโกลบินที่เกินจะตกตะกอนในเม็ดเลือดแดงตัวอ่อนทำให้เกิดการตายของ เซลล์ การที่ผู้ป่วยธาลัสซีเมียมีปริมาณฮีโมโกลบินเอ๊ฟสูงขึ้นจะช่วยลดความไม่สมดุลของสาย โปรตีนโกลบิน ยังผลให้อาการรุนแรงที่พบในผู้ป่วยลดลง จากการศึกษา SNP ในจีโนมพบว่า มี SNP 5 ตำแหน่งในยีน HBS1L ที่มีความสัมพันธ์กับความรุนแรงของโรคในผู้ป่วยเบต้าธาลัสซีเมีย ฮีโมโกลบินอี การวิเคราะห์ quantitative trait พบว่า ยีน HBS1L และยีนบริเวณใก้ลเคียงอาจมีผล ต่อปริมาณฮีโมโกลบินเอ๊ฟ การศึกษานี้ต้องการหา SNP ในยีน HBS1L บนโครโมโซม 6q23 ที่มีผลต่อการเพิ่ม ปริมาณฮีโมโกลบินเอ๊ฟ ในผู้ป่วยเบต้าธาลัสซีเมียฮีโมโกลบินอี โดยการตรวจหาลำดับเบสของ DNA ใน exon รวมทั้งบริเวณ intron-exon junction ของทุก exon บนยีน HBS1L ในผู้ป่วย เบต้าธาลัสซีเมียฮีโมโกลบินอีที่มีอาการน้อย 16 คน และมีอาการรุนแรง 14 คน พบ SNP 22 ตำแหน่ง และ พบนิวคลีโอไทด์ขาดหายไป 5 ตัว (5 bp deletion) ในบริเวณ intron-exon junction ลำดับที่ 4 เมื่อทำการวิเคราะห์ haplotype พบว่า SNP ที่ 3 ถึง 12 มี linkage disequilibrium อยู่ เนื่องจาก SNP ตำแหน่งที่ 7 มีจุดตัดของเอ็นไซม์ตัดจำเพาะ ApaLI จึงทำการ ตรวจ genotype ของ SNP 7 โดยวิธี PCR-RFLP ในผู้ป่วยที่มีอาการน้อย 295 คน และอาการ รุนแรง 180 คน พบว่าความถี่ของ genotype ชนิด C/C ในผู้ป่วยที่มีอาการน้อยจะสูงกว่าในผู้ป่วยที่มี อาการรุนแรงอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (p=0.002) polymorphism ที่ตำแหน่ง -158 Gγ XmnI ซึ่ง มีรายงานว่ามีผลต่อปริมาณฮีโมโกลบินเอ๊ฟ และ SNP 7 จะเป็นอิสระต่อกันในการควบคุมปริมาณ ฮีโมโกลบินเอ๊ฟ แม้ว่า XmnI polymorphism จะมีอิทธิพลมากกว่า แต่ polymorphism ของ SNP 7 จะมีผลต่อปริมาณฮีโมโกลบินเอ๊ฟ เมื่อผู้ป่วยมี XmnI genotype เป็น -/-

Mahidol University

Address: NAKHONPATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Kanokporn Triwitayakorn

Role: Thesis Advisors

Created: 2006

Modified: 2553-06-17

Issued: 2010-06-17

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: TH P189c 2006

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Molecular Genetics and Genetic Engineering

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4736002.pdf	2.31 MB	10	2018-05-29 13:46:09

ใช้เวลา

0.314189 วินาที