Molecular typing of leptospira species based on putative o-antigen polymerase gene sequence

การจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อเลปโตสไปราโดยการวิเคราะห์รหัสพันธุกรรมของ putative o-antigen polymerase ยีน

Name: Kata Gunlabun

MeSH: Leptospira

MeSH: Lipopolysaccharides

Abstract: The traditional classification of Leptospira spp. was based on serovars. A new serovar was initially determined by raising antibody to each serovar and then performing the cross-adsorption procedure with other serovars. The antigenically related serovars were included in the same serogroup. The test had a number of drawbacks, as it was laborious and required maintenance of living organisms for use as antigens. Molecular typing was an alternative and more practical method to develop in this study, and was focused on wzy gene encoding O-antigen polymerase enzyme involved in LPS biosynthesis. The classical 16S rRNA that could resolve at the species level also perform. The phylogenetic tree analysis of these genes from Leptospira isolates and Leptospira spp. reference strains were constructed by Bayesian inference phylogenetic tree. The wzy gene tree could be classified into 7 genetically related groups, of which its differentiation power was better than that of the more highly conserved 16S rRNA. The result of 16S rRNA phylogenetic tree revealed most of leptospiral Thai isolates as L. interrogans species, while the isolates that could not be amplified by wzy flanking primers were typed in 2 groups. The first group was closely related to L. meyeri, the other group was related to L. fainei and L. inadai. Further investigation, DNA probes derived from wzy gene, orf13, orf15 and rmlB gene could not detect any related gene in those unknown species.

Abstract: 1การจำแนก serovar เป็นวิธีดั้งเดิมในการแบ่งสายพันธุ์ของเลปโตสไปรา เนื่องจากวิธีจำแนก serovar เป็นเทคนิคที่ยุ่งยาก ใช้เวลานานและต้องเพาะเลี้ยงเชื้อหลาย serovar เพื่อใช้เป็นแอนติเจน ในกระบวนการอิมมิวโนวิทยา ในการศึกษาครั้งนี้ได้พัฒนาวิธีการจำแนกทางอณูชีววิทยาเพื่อใช้ จำแนกลักษณะของเลปโตสไปราที่แยกได้จากผู้ป่วยโดยมีสายพันธุ์มาตรฐานเป็นเชื้อเปรียบเทียบ โดยให้ความสนใจ wzy ยีนที่ควบคุมการสร้างเอนไซม์ O-antigen polymerase ที่ใช้ในการสร้างไล โปโพลีแซคคาไรด์และ 16S rRNA ยีนเพื่อใช้ในการจำแนกเลปโตสไปราในระดับสปีชีส์ โดยยีน เหล่านี้นำมาวิเคราะห์ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการถูกสร้างโดยวิธี Bayesian inference phylogenetic tree ผลการศึกษาพบว่าความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการของ wzy ยีนสามารถจำแนกออกเป็น 7 กลุ่มซึ่งมี ประสิทธิภาพในการจำแนกได้ดีกว่า ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการของ 16S rRNA ยีน ผลของความ สัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการของ16S rRNA พบว่าเลปโตสไปราที่แยกได้จากผู้ป่วยส่วนใหญ่เป็น L. interrogans และพบว่ามี 2 กลุ่ม กลุ่มที่ 1 ใกล้เคียง L. meyeri กลุ่มที่ 2 ใกล้เคียง L. fainei และ L. inadai โดยทั้ง 2 กลุ่มนี้ไพร์เมอร์ที่ออกแบบจาก wzy ยีนของสปีชีส์ interrogans ไม่สามารถตรวจพบ ได้ เมื่อนำ DNA probe ที่ได้มาจาก wzy ยีน, ยีนที่ตั้งอยู่ใกล้กับ wzy ยีนคือ orf13, orf15 และ rmlB ยีน พบว่าไม่สามารถตรวจหายีนเหล่านั้นในเลปโตสไปราทั้ง 2 กลุ่มนี้

Mahidol University

Address: NAKHON PATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Thareerat Kalambaheti

Role: Thesis Advisors

Created: 2007

Modified: 2553-06-17

Issued: 2010-06-11

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: TH K19m 2007

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Tropical Medicine

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4737553.pdf	1.9 MB	13	2020-03-10 14:05:28

ใช้เวลา

-0.590265 วินาที