Identification of single nucleotide polymorphisms ‪(SNPs)‬ of cholesteryl ester transfer protein ‪(CEPT)‬ gene in Thai population

การตรวจค้นหา Single Nucleotide Polymorphisms ‪(SNPs)‬ บนยีน Cholesteryl Ester Transfer Protein ‪(CETP)‬ ในคนไทย

Name: Nimmitta Choochuenmanakit

MeSH: Coronary Disease

MeSH: Genetics

MeSH: Lipoproteins

MeSH: Polymorphism, Single Nucleotide

MeSH: Population -- Thailand

Abstract: Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are DNA sequence variations that occur at least 1% in population but cause difference among individuals. SNPs generally do not directly cause disease but they may make a small contribution to disease. So, it has been expected that SNP maps of candidate genes will help identify genotypes involving in phenotypes of complex diseases. SNPs, however, are genetic variations that may be specific to each population. So, SNPs identification of disease candidate genes for each population will be necessary. This study presents SNPs of Cholesteryl Ester Transfer Protein (CETP) gene totally identified from 66 alleles of Thai subjects. CETP gene, located on chromosome 16q21, is one of candidate genes for Coronary Heart Disease (CHD). The product of CETP gene is a plasma glycoprotein that mediates the transfer of neutral lipids among blood lipoproteins. This capacity of CETP leads to the speculation that blood concentration of CETP may be associated with levels and sizes of blood lipoproteins. To understand the role of CETP gene in determining lipoprotein phenotypes in Thai population, all of common polymorphisms of this gene were identified by PCR-SSCP and direct DNA sequencing techniques. Thirteen SNPs were identified in this study. Eleven positions are known SNPs which publicized on online database: C-629A, G+279/in1A (TaqIB), C+8/in7T, T+24/in9G, G+29/in9A, I405V, R451Q, G-30/in15A, G+84A, G+184C and A+218G.. Two positions are novel SNPs that may be population specific. These SNPs are CETP_X1 that causing changing amino acid at highly conservative position in exon 3 and CETP_X2 that causing base substitution in intron 6. All of these SNPs will be validated for allele frequency and used for further studies: association analysis among affecting phenotypes, finding genetic markers for disease prediction and pharmacogenetic studies.

Abstract: Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) หรือ สนิป คือ ความหลากหลายทางพันธุกรรม ระหว่างมนุษย์แต่ละคนที่เกิดจากการเปลี่ยนแปลงนิวคลีโอไทด์เพียงหนึ่งตำแหน่ง โดยความแตกต่างนี้ต้องมี ความถี่ที่พบในประชากรมากกว่า 1% ซึ่งความแตกต่างนี้เองเป็นผลที่ทำให้มนุษย์แต่ละคนหรือคนแต่ละกลุ่ม ประชากรมีความแตกต่างกัน โดยปกติแล้ว SNP นั้นไม่ได้เป็นสาเหตุใหญ่ที่ทำให้เกิดโรคโดยตรง แต่ก็อาจส่งผล ต่อการเกิดโรคได้โดยเฉพาะอย่างยิ่งถ้ามีความผิดปกติเกิดขึ้นในหลายๆตำแหน่ง ดังนั้นการจัดทำแผนที่สนิป (SNP maps) ของยีนที่คาดว่าเป็นสาเหตุของการเกิดโรค (candidate genes) จะสามารถนำมาใช้ในการ พยากรณ์ความเสี่ยงของการเกิดโรคได้ นอกจากนี้ SNP ยังสามารถนำมาใช้ในงานทางด้านเภสัชพันธุศาสตร์ (pharmacogenomics) เพื่อใช้ค้นหายาตัวใหม่ และนำไปประยุกต์ใช้ในการศึกษาประสิทธิภาพและผลข้าง เคียงของยาเฉพาะบุคคล (personnalized medicine)ได้ อย่างไรก็ตามความหลากหลายทางพันธุกรรมนี้จะ แตกต่างกันไปในแต่ละกลุ่มประชากร ทั้งในด้านรูปแบบและความถี่ ไม่สามารถนำเอาข้อมูล SNP ของประชากร แต่ละกลุ่มมาแทนกันได้ ดังนั้นจึงมีความจำเป็นที่จะต้องจัดทำฐานข้อมูล SNP ในแต่ละกลุ่มประชากรขึ้นมา การ วิจัยนี้เป็นการตรวจค้นหา SNP ของยีน Cholesteryl Ester Transfer Protein (CETP) ในประชากร ไทย ยีน CETP นี้เป็นยีนที่อยู่บนโครโมโซมคู่ที่ 16 (16q21) ประกอบด้วย 16 exons, 15 introns และ เป็นหนึ่งในยีนที่คาดว่าเกี่ยวข้องกับการเกิดโรคหลอดเลือดหัวใจอุดตัน CETP คือโปรตีนที่ทำหน้าที่เป็นตัวขนส่งโคเลสเตอรอลเอสเทอร์และไตรกลีเซอไรด์ ระหว่างไลโป โปรตีนแต่ละชนิด ดังนั้น CETP จึงมีความสัมพันธ์กับปริมาณและขนาดของไลโปโปรตีน และเพื่อศึกษาความ สัมพันธ์ของ CETP ต่อลักษณะที่แสดงออกของไลโปโปรตีนในประชากรไทย การวิจัยนี้จึงได้ทำการค้นหา SNP ของยีน CETP โดยทำการศึกษาจากกลุ่มประชากรไทยจำนวน 33 คน (66 alleles) โดยวิธี PCR-SSCP และ direct DNA sequencing ผลการศึกษาพบว่ามี SNP จำนวน11 ตำแหน่งที่เหมือนกับฐานข้อมูล สาธารณะ: C-629A, G+279/in1A (TaqIB), C+8/in7T, T+24/in9G, G+29/in9A, I405V, R451Q, G-30/in15A, G+84A, G+184C,A+218G และ 2 ตำแหน่งที่เป็น SNP ที่ยังไม่เคยค้นพบ มาก่อน (CETP_X1: ทำให้เกิดการเปลี่ยนกรดอะมิโนที่ตำแหน่งอนุรักษ์ใน exon 3 และ CETP_X2: ใน intron 6) ซึ่ง SNP แต่ละตำแหน่งที่พบนี้ จะถูกนำมาวัดความถี่และศึกษาความสัมพันธ์ต่อการแสดงออกของ ลักษณะทางกายภาพในประชากรไทย ต่อไป

Mahidol University

Address: NAKHON PATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Klai-upsorn Pongrapeeporn

Role: Thesis Advisors

Created: 2004

Modified: 2553-03-31

Issued: 2010-03-22

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

ISBN: 9740454208

CallNumber: TH N713i 2004

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Biochemistry

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4436033.pdf	2.11 MB	86	2019-09-18 12:13:35

ใช้เวลา

0.336076 วินาที