Identification and confirmation of unknown mutations at low density lipoprotein receptor locus

การค้นหาและการยืนยันผลของการกลายพันธุ์ในยีน LDL receptor

Name: Pornsirin Chunhapimon

LCSH: Hypercholesterolemia

LCSH: Lipoproteins, LDL

LCSH: Mutation

Abstract: Familial hypercholesterolemia (FH) is caused by a defect in the function of the low-density lipoprotein (LDL) receptor and is inherited in an autosomal dominant pattern. Single strand conformation polymorphism (SSCP) analysis was used to screen for mutations at the LDL receptor locus in Thai subjects with primary hypercholesterolemia. The abnormal SSCP patterns were subjected to direct DNA sequencing and secondary confirmation by examination of the DNA fragment used for sequencing, either by restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) or allele specific amplification (ASA). Four mutations and one polymorphism, 313+1 G>T, E153K, M391T, S554L and G471A, respectively were found. Three mutations (313+1 G>T, M391T, S554L) were screened in a group of 100 normolipidemic subjects by PCR-RFLP and ASA. From this screening, these mutations were not observed in control DNA samples (n=100). The E153K mutation was observed in a 10 years old Thai boy and his father. The E153K mutation was not present in the boy’s mother. It might be a pathogenic mutation causing the hypercholesterolemic condition in the boy and his father. Since the boy has severe hypercholesterolemia, then, boy may be a compound heterozygous FH and has inherited another FH causing mutation from his mother. G471A polymorphism, the abnormal SSCP pattern was observed in five unrelated patients. Two in five of the abnormal SSCP patterns were subjected to sequencing analysis. From amino acid sequence alignments, these mutations cause non-conservative substitution in the relatively conserved region of the protein molecule and thus may consequently disturb the function of the receptor protein. These findings, including the absence of these mutations in normolipidemic subjects, suggest that these mutations are pathogenic and could be the possible cause of the hypercholesterolemic condition in these index subjects.

Abstract: Familial hypercholesterolemia เป็นโรคทางพันธุกรรมที่เกิดจากการกลายพันธุ์ในยีน LDL receptor ซึ่งมีผล ทำให้การทำงานของ LDL receptor protein ผิดปกติ ส่งผลให้เกิดภาวะโคเลสเตอรอลสูงในกระแสเลือด การศึกษานี้ใช้เทคนิค single strand conformation polymorphism (SSCP) ในการค้นหาการกลายพันธุ์ในคนไทยที่มีภาวะโคเลสเตอรอลสูงแบบปฐม ภูมิ ชิ้นDNA ที่พบ Abnormal SSCP pattern ได้ถูกวิเคราะห์หาลำดับเบส โดยใช้เทคนิค automated DNA sequencing การเปลี่ยนแปลงของเบสที่เกิดขึ้นจะยืนยันผลโดยใช้เทคนิค Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism(PCR-RFLP)หรือเทคนิค allele specific amplification(ASA) จากการศึกษาครั้งนี้พบว่ามีการกลายพันธุ์เกิดขึ้น ทั้งหมด 4 ตำแหน่งและความหลากหลาย 1 ตำแหน่ง ได้แก่ 313+1 G>T, E153K, M391T, S554L และ G1414A ตามลำดับ โดย ตำแหน่งที่ 313+1 G>T, E153K, M391T ถูกนำไปค้นหาการกลายพันธุ์ในคนที่มีภาวะโคเลสเตอรอลในระดับปกติจำนวน 100 คน โดยใช้เทคนิค PCR-RFLP และ ASA ผลจากการศึกษาว่าไม่มีการกลายพันธ์เหล่านี้ในคนปกติ สำหรับE153Kการกลายพันธุ์ที่ ตำแหน่งนี้ได้ถูกพบในเด็กชายอายุ 10 ขวบและในพ่อของเด็กโดยที่ไม่พบในแม่ การกลายพันธุ์ที่ตำแหน่งนี้จึงน่าจะเป็นสาเหตุของ ภาวะโคเลสเตอรอลสูงทั้งพ่อและลูกโดยเฉพาะในลูกมีภาวะโคเลสเตอรอลที่สูงมากอาจเป็นcompound heterozygous FH โดย อาจได้รับการถ่ายทอดการกลายพันธุ์อีกตำแหน่งหนึ่งจากแม่ซึ่งมีภาวะโคเลสเตอรอลสูงและมีอาการของโรคหลอดเลือดหัวใจ ขณะนี้อยู่ในระหว่างขั้นตอนการศึกษา จากการเปรียบเทียบ amino acid ในหลายสายพันธุ์ พบว่าการกลายพันธุ์เหล่านี้เป็นผลให้ เกิดการแทนที่ของ amino acid แบบ non-conservative substitution ใน conserved region ของ receptor protein และน่าจะมี ผลให้ต่อการทำงานของโปรตีน ส่วน G1414(R471)พบเฉพาะ ในผู้ที่มีภาวะโคเลสเตอรอลสูงทั้งหมด 5 คนโดยที่ทั้ง 5 คนนี้ไม่มี ความเกี่ยวข้องกัน ความหลากหลายที่ตำแหน่งนี้มีรายงานแล้วในฐานข้อมูล(NCBI) และน่าจะเป็นสาเหตุที่ทำให้เกิดภาวะ โคเลสเตอรอลสูงในผู้ป่วยเหล่านี้

Mahidol University

Address: NAKHON PATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Klai-upsorn Pongrapeeporn

Role: Thesis Advisors

Created: 2004

Modified: 2553-03-29

Issued: 2010-03-03

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

ISBN: 9740455417

CallNumber: TH P836i 2004

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Biochemistry

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4437346.pdf	2.89 MB	10	2018-05-16 12:04:29

ใช้เวลา

0.281428 วินาที