Identification of putative transmembrane proteins from the Burkholderia pseudomallei genome sequence database

การจำแนกทรานส์เมมเบรนโปรตีนจากข้อมูลยีโนมของเชื้อ Burkholderia pseudomallei

Name: Sujarus Puttilepong

MeSH: Burkholderia pseudomallei

MeSH: Computational Biology

MeSH: Databases

MeSH: Genome

Abstract: Burkholderia pseudomallei, a saprophytic gram negative bacillus, is the causative agent of melioidosis. This disease is an important infectious disease endemic in Southeast Asia and Northern Australia. Infections occur via inoculation, ingestion or inhalation. Melioidosis is a major cause of morbidity and mortality in endemic regions. However, there is no vaccine available for this disease. In order to design a vaccine, a genomewide search for potential vaccine candidates can be used to screen the entire genome sequences of the bacteria. Most of the potential vaccine candidates are either membrane proteins or secrete proteins. The objective of this study was to identify transmembrane proteins of Burkholderia pseudomallei using bioinformatics approach. The whole genome sequences of B. pseudomallei, containing 48 unfinished contigs of 7,271,440 bp were used as starting material. The tentative open reading frames were predicted using Glimmer software. All predicted Open Reading Frames (11,683 ORFs) were translated into amino acid sequences and annotated by comparing with BLASTP, KEGG and COG international DNA databases. Afterward, transmembrane proteins were predicted by using TMHMM, HMMTOP, PHD and TMpred prediction prgrams. The prediction resulted in 2,993, 1,522, 2,900 and 3,715 ORFs, from each program respectively. The transmembrane proteins of B. pseudomallei may be useful for further study to develop the vaccine against B. pseudomallei.

Abstract: Burkholderia pseudomallei เป็นเชื้อแบคทีเรียกรัมลบ รูปแท่ง และเป็นสาเหตุของโรคเมลิออยโดสิส ซึ่งเป็นโรคติดเชื้อที่มีการระบาดในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และทางตอนเหนือของทวีปออสเตรเลีย เชื้อนี้สามารถเข้าสู่ร่างกายทางบาดแผลหรือทางการกลืนกินหรือทางการหายใจ โรคเมลิออยโดสิสเป็นสาเหตุการเจ็บป่วยและการตายที่เพิ่มขึ้นของประชากรในพื้นที่ระบาดของโรคนี้ อย่างไรก็ตาม ปัจจุบันยังไม่มีวัคซีนที่ใช้สำหรับโรคนี้ ในการออกแบบวัคซีนจำเป็นต้องทำการจำแนก vaccine candidate จากยีโนมของเชื้อ B. pseudomallei ซึ่งโดยส่วนมาก ได้แก่ membrane protein หรือ secreted protein โดยใช้ข้อมูลในการศึกษานี้เป็นการจำแนก transmembrane protein ของเชื้อ B. pseudomallei ในการศึกษานี้เป็นการจำแนก transmembrane protein ของเชื้อ B. pseudomallei โดยใช้ข้อมูลยีโนมของเชื้อ B. pseudomallei ซึ่งประกอบด้วย 48 contigs และมีความยาวทั้งสิ้น 7,271,440 bp นำมาพยากรณ์ open reading frames (ORFs) โดยใช้โปรแกรม Glimmer ยีนทั้งหมดที่ถูกทำนายว่ามี ORF จะถูก translate จาก nucleotide sequence ไปเป็น amino acid sequence และทำ annotate โดยการเปรียบเทียบกับข้อมูลของ BLASTP, KEGG และ COG หลังจากนั้น amino acid sequence ของเชื้อ B. pseudomallei ถูกนำมาทำนายหา transmembrane proteins โดยใช้โปรแกรม TMHMM, HMMTOP, PHD และ TMpred ซึ่งสามารถทำนาย transmembrane protein จำนวน 2,993, 1,522, 2,900 และ 3,715 ORFs ตามลำดับ ผลจากการทำนาย transmembrane protein ของเชื้อ B. pseudomallei อาจจะมีประโยชน์สำหรับการศึกษาเพิ่มเติม ในการพัฒนาไปเป็นวัคซีนที่สามารถต้านเชื้อ B. pseudomallei ได้

Mahidol University

Address: NAKHON PATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Sirirurg Songsivilai

Role: Thesis Advisors

Created: 2004

Modified: 2020-04-21

Issued: 2010-02-25

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

ISBN: 9740453686

CallNumber: TH S948i 2004

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Immunology

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4436234.pdf	907.85 KB	16	2018-05-29 03:23:02

ใช้เวลา

0.247809 วินาที