Development of AFLP genetic markers for growth trait of black tiger shrimp ‪(Penaeus monodon)‬

การพัฒนาเครื่องหมายทางพันธุกรรมชนิด AFLP ที่จำเพาะต่อการเจริญเติบโตของกุ้งกุลาดำ

Name: Supajit Sraphet

LCSH: Genetic markers

LCSH: Penaeus monodon

Abstract: Although Penaeus monodon is the most economically important shrimp species in Thailand, broodstock selection is limited: molecular biology and genetics seem to be a promising method to overcome the problem. The objectives of this study were to develop AFLP markers specific to the growth trait of the P. monodon and to convert all identified AFLP markers to SCAR markers. A total of 101 primer combinations of EcoRI-CNN or TNN and MseI-CNN were used to screen 151 day old shrimp which were classified into 4 different groups according to their weight and sex. A total of 25 AFLP markers were identified from 20 primer pairs. Of these, 16 markers were specific to the growth trait, while the other 3 markers were specific to male sex and 6 markers were specific to female sex. All polymorphic AFLP bands were converted to SCAR markers. The SCAR primers were tested against pooled and individual genomic DNAs. The results showed that one SCAR marker designated SF-E51M29 was identified with a polymorphism specific to the fast-growing trait with about 83% accuracy of phenotype prediction. The differences among polymorphic bands of the SF-E51M29 were due to insertion/deletions of nucleotides within the amplified region. Moreover, the SF-E20M24 showed the polymorphism specific to the fast growing trait with about 83% accuracy of phenotype prediction after testing with individual pre-amplified products. The PCR products from the rest of the SCAR primers showed no polymorphism even after further analysis using the Single Strand Conformational Polymorphism (SSCP) technique. However, the AFLP markers that were not converted to SCARs will be used in the construction of a genetic linkage map and the SF-E51M29 and SF-E20M24 markers will be useful for a marker assisted selection program of fast-growing P. monodon

Abstract: กุ้งกุลาดำเป็นสัตว์เศรษฐกิจที่มีความสำคัญของประเทศไทย ปัจจุบันปัญหาการเพาะเลี้ยงรวมถึงการคัดเลือกพ่อ-แม่พันธุ์ได้ส่งผลกระทบต่อผลผลิตกุ้งกุลาดำเป็นอย่างมาก จึงได้มีการนำเอาความรู้ทางด้านอณูชีววิทยาและพันธุศาสตร์มาประยุกต์ใช้ในการแก้ปัญหาดังกล่าว งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาเครื่องหมายทางพันธุกรรม AFLP ที่จำเพาะต่อการเจริญเติบโตของกุ้งกุลาดำ และเปลี่ยนเครื่องหมายพันธุกรรม AFLP เป็นเครื่องหมายพันธุกรรม SCAR โดยได้ทำการสุ่มตัวอย่างกุ้งกุลาดำอายุ 151 วัน และจำแนกเป็น 4 กลุ่มตามขนาดและเพศเพื่อนำมาใช้ในการวิเคราะห์โดยใช้เทคนิค AFLPโดยใช้ไพรเมอร์ทั้งสิ้น 101 คู่ ระหว่าง EcoRI-CNN หรือ TNN และ MseI-CNN และผลการวิเคราะห์ พบ 25 โพลีมอร์ฟิซึม จากไพรเมอร์ 20 คู่ ซึ่งแบ่งเป็น 2 โพลีมอร์ฟิซึมที่พัฒนาได้จากกุ้งขนาดใหญ่ 14 โพลีมอร์ฟิซึมจากกุ้งขนาดเล็ก 3 โพลีมอร์ฟิซึมจากกุ้งเพศผู้ และ 6 โพลีมอร์ฟิซึมจากกุ้งเพศเมีย เครื่องหมายพันธุกรรม AFLP ที่พัฒนาได้ทั้งหมดถูกนำมาพัฒนาเป็นเครื่องหมายพันธุกรรม SCAR จากนั้นจึงนำไปวิเคราะห์กับตัวอย่างกุ้งกุลาดำที่ใช้ในการวิเคราะห์ AFLP และพบว่าเครื่องหมายพันธุกรรม SF-E51M29 สามารถตรวจสอบความแตก ต่างระหว่างกุ้งกุลาดำขนาดใหญ่และขนาดเล็กได้ โดยมีความถูกต้องที่วิเคราะห์ได้ในเบื้องต้นประมาณ 83% โดยโพลีมอร์ฟิซึมที่พบนั้นเป็นผลมาจากการเกิดเพิ่มและ/หรือขาดหายของนิวคลีโอไทด์ และเครื่องหมายพันธุกรรม SF-E20M24 สามารถตรวจสอบความแตกต่างระหว่างกุ้งกุลาดำขนาดใหญ่และขนาดเล็กได้ โดยมีความถูกต้องที่วิเคราะห์ได้ในเบื้องต้นประมาณ 83% เมื่อวิเคราะห์กับตัวอย่างดีเอ็นเอกุ้งที่ผ่านขั้นตอน pre-selective amplification แล้ว ส่วนเครื่องหมายพันธุกรรมอื่นๆ ที่เหลือไม่สามารถตรวจสอบโพลีมอร์ฟิซึมได้แม้ทดสอบโดยวิธี SSCP (Single Strand Conformational Polymorphism) เครื่องหมายพันธุกรรม AFLP และ SCAR ที่พัฒนาขึ้นทั้งหมดนี้สามารถนำมาประยุกต์ใช้ในการคัดเลือกและพัฒนาสายพันธุ์ รวมถึงการสร้างแผนที่ทางพันธุกรรมของกุ้งกุลาดำได้

Mahidol University

Address: NAKHON PATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Kanokporn Triwitayakorn

Role: Thesis Advisors

Created: 2004

Modified: 2553-03-20

Issued: 2010-02-19

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

ISBN: 9740453554

CallNumber: TH S959df 2004

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Molecular Genetics and Genetic Engineering

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4536680.pdf	2.82 MB	21	2018-05-29 03:19:33

ใช้เวลา

0.274633 วินาที