Quantification of HIV-1 by real-time PCR assay using self-quenched fluorogenic primers

การตรวจหาปริมาณไวรัส HIV-1 โดยใช้เทคนิค Real-Time PCR ซึ่งใช้self-quenched fluorogenic primersเป็นตัวติดตาม

Name: Somying Promso

MeSH: Polymerase Chain Reaction

MeSH: Acquired Immunodeficiency Syndrome

MeSH: HIV-1

MeSH: Computer Systems

Abstract: HIV-1 viral load represents a basic marker for evaluation of the severity of HIV-1 related diseases and to monitor the effectiveness of treatment. A method based on real-time RT-PCR technology has been developed for quantification of HIV- 1 RNA by using self-quenched fluorogenic primers known as LUX™ primers. In this study they were used to recognize a low variable gag region of subtype E and B consensus sequence. Specificity was verified by amplicon melting temperatures. An external standard curve was constructed with serial 10 fold dilutions of a synthetic HIV-gag RNA. A wide range linear relationship (1 up to 106 copies/mL) was observed between the number of PCR cycles needed to detect a fluorescent signal and the number of RNA copies. Intra and inter-assay coefficients of variation were 0.72 to 2.54 % and 3.14 to 8.83 % respectively, thus indicating good reproducibility of the method. Thirty out of fifty HIV-infected individual plasma samples were quantified by this method and compared with the AMPLICOR® HIV-1 Monitor assay, which is widely considered a reference technique for HIV-RNA viral load measurement. The results indicated that the AMPLICOR® HIV-1 Monitor assay and real-time RT-PCR using LUX™ primers were in good agreement (mean difference in log10 copies/mL ± 2 standard deviations = 0.21 ± 1.34).

Abstract: ปริมาณ ไวรัส HIV-1 ในกระแสเลือด เป็นค่าพื้นฐานหลักในการประเมินถึงความ รุนแรงของโรค นอกจากนี้ยังสามารถใช้ติดตามผลการรักษาได้ การหา ปริมาณ ไวรัส HIV-1 ด้วย เทคโนโลยีของ LightCycler โดย real-time RT-PCR ซึ่งใช้ self-quenched fluorogenic primer หรือ LUX™ primer เป็นตัวติดตามได้ถูกพัฒนาขึ้น ซึ่ง primer เหล่านี้ได้ถูกออกแบบมา ให้จำเพาะกับตำแหน่ง gag ยีน ของ subtype E and B เป็นหลัก ความจำเพาะจะถูกตรวจสอบโดย การวิเคราะห์จาก melting temperatures กราฟของ external standard ถูกสร้างขึ้นโดยการใช้ค่า serial 10 fold dilutions ของ HIV – gag RNA สังเคราะห์ ในการติดตามจำนวน RNA ในแต่ ละรอบของปฏิกิริยา PCR ซึ่งเป็นการตรวจวัดสัญญาณของ fluorescent นั้นพบค่าความสัมพันธ์ แบบ wide range linear relationship (1 ถึง 106 copies / mL) ค่า coefficients of variation ของช่วงเวลาในรอบ PCR ขณะทดสอบตัวอย่าง (intra -) และช่วงการทดสอบระหว่างตัวอย่าง (inter – assay) เป็นร้อยละ 0.72 ถึง 2.54 และ ร้อยละ 3.14 ถึง 8.83 ตามลำดับ ซึ่งบ่งชี้ว่าวิธีนี้มี ความแม่นยำในการทดสอบซ้ำ (reproducibility) ที่ดี จากพลาสมาของผู้ติดเชื้อ HIV 50 ตัวอย่าง พบว่าวิธี real-time RT-PCR สามารถตรวจวัดปริมาณของ RNA ได้ 30 ตัวอย่าง โดยได้ทำการเปรียบเทียบกับวิธีของ AMPLICOR® HIV-1 Monitor ซึ่งเป็นวิธีที่มีการนำมาใช้เป็นวิธีอ้างอิงอย่างแพร่หลาย ผลการทดลองพบว่าวิธี AMPLICOR® HIV-1 Monitor และวิธี real-time RTPCR โดยใช้ LUX™ primer ให้ผลที่สอดคล้องกันดี (good agreement) โดยมีค่า mean difference in log10 copies / mL ± 2 SD เป็น 0.21 ± 1.34

Mahidol University

Address: NAKHON PATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Wasun Chantratita

Role: Thesis Advisors

Created: 2004

Modified: 2553-03-16

Issued: 2010-02-09

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

ISBN: 9740448194

CallNumber: TH S697q 2004

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Clinical Pathology

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4436410.pdf	7.11 MB	21	2021-08-29 12:57:35

ใช้เวลา

0.230669 วินาที