The analysis of allele frequencies and haplotype profiling of five Y chromosome STR loci in Thai male population and forensic application

การศึกษาวิเคราะห์ความถี่ของอัลลีลและ Haplotype profiling ของ Y chromosome STR 5 ตำแหน่งในประชากรชายไทยและการประยุกต์ใช้ในงานนิติเวชศาสตร์

Name: Praew Suppajariyawat

MeSH: Alleles

MeSH: Chromosomes

MeSH: Haplotypes

MeSH: Microsatellite Repeats

Abstract: Five human short tandem repeat polymorphisms (STRs) also known as microsatellites-DYS389I/II,DYS390,DYS392,DYS393, and DYS439, mapping in the Y chromosome, can be typed using PCR amplification and separation of the resulting polymorphic fragments by denaturing high resolution polyacrylamide gel electrophoresis and silver staining. Conversely DYS392, DNA fragments were separated effectively by using non-denaturing polyacrylamide gel electrophoresis. The PCR primers amplify a repeat sequence on the Y chromosome revealing a band pattern in male individuals. Exceptionally DYS389, amplified a partially duplicated region and generated two PCR fragments both of which varied in length and were referred to as DYS389I and DYS389II. In this study 5 Y-STR loci (DYS389I/II,DYS390,DYS392,DYS393, and DYS439) were typed in a sample of 100 unrelated Thai males. The repeat structure of alleles, found on each locus, consisted of one trinucleotide repeat (DYS392) and four tetranucleotide repeats (DYS389I/II, DYS390, DYS393 and DYS439). The allele frequency distribution of all five loci showed a unimodal distribution. Except for DYS392 which clearly showed a bimodal allele frequency distribution. The number of alleles found at each locus ranged from 3 to 8. Gene diversity values ranged from 0.5574 to 0.7989. The highest average gene diversity was found in DYS389II and the lowest in DYS393. The haplotype combining five of the loci presented 92 different haplotypes and haplotype diversity was calculated to be 0.9982. The allele frequencies and haplotype analysis at 5 Y-STR loci would be useful for personal identification in forensic science and for population genetics due to the high divergence of these haplotypes

Abstract: การศึกษาครั้งนี้เป็นการศึกษาหาความถี่ของอัลลีล และ Haplotype profiling บน Y-Chromosome short tandem repeats (STR) 5 ตำแหน่ง ในประชากรชายไทยจำนวน 100 คน ผลการศึกษาพบว่า YSTR 5 ตำแหน่ง ได้แก่ DYS389I/II, DYS390, DYS392, DYS393, และ DYS439 สามารถเพิ่มจำนวนดีเอ็นเอด้วยวิธี polymerase chain reaction (PCR) และวิเคราะห์ผล STR เพื่อแยกอัลลีลขนาดต่าง ๆ จากกันด้วยวิธี denaturing polyacrylamide gel electrophoresis ยกเว้นที่ตำแหน่ง DYS392 การวิเคราะห์ผล STR ประสิทธิภาพของการแยกอัลลีลดีกว่าเมื่อใช้วิธี non-denaturing polyacrylamide gel electrophoresis การเพิ่มจำนวนดีเอ็นเอด้วย PCR specific primers ในแต่ละตำแหน่งให้แถบดีเอ็น เอเพียงแถบเดียว ยกเว้นตำแหน่ง DYS389 ปรากฏแถบดีเอ็นเอ 2 แถบ ที่มีขนาดต่างกัน โดยแถบดีเอ็นเอแถบสั้นคือ DYS389I และดีเอ็นเอแถบยาวคือ DYS389II จำนวนเบสที่พบใน tandem ของอัลลีลในแต่ละตำแหน่งแตกต่างกันไป โดยที่ตำแหน่ง DYS392 แต่ละ tandem ประกอบไปด้วย 3 คู่เบส และตำแหน่ง DYS389I/II, DYS390,DYS393, และ DYS439 แต่ละ tandem ประกอบไปด้วย 4 คู่เบส การกระจายของความถี่ของอัลลีลในตำแหน่ง DYS389I/II, DYS390,DYS393, และ DYS439 มีการกระจายเป็นแบบ Unimodal distribution ยกเว้นตำแหน่ง DYS392 การกระจายของความถี่ของอัลลีล เป็นแบบ Bimodal distribution จำนวนอัลลีลที่พบในแต่ละตำแหน่งอยู่ระหว่าง 3 ถึง 8 อัลลีล ความหลากหลายของยีนมีค่าอยู่ระหว่าง 0.5574 ถึง 0.7989 โดยที่ตำแหน่ง DYS389II มีค่าความหลากหลายของยีนสูงสุด คือ 0.7989 และที่ตำแหน่ง DYS393 มีค่าความหลากหลายของยีนต่ำสุด คือ 0.5574 ส่วนจำนวน Haplotype Profiles ที่พบในการศึกษาครั้งนี้มีทั้งหมด 92 haplotypes โดยมีค่าความหลากหลายของ Haplotype สูงถึง 0.9982 จากการศึกษาครั้งนี้ ค่าสถิติของความถี่ของอัลลีล และ Haplotype profiling บน Y-STR ทั้ง 5 ตำแหน่ง ในประชากรชายไทยสามารถนำไปประยุกต์ใช้ในงานนิติเวชศาสตร์ เกี่ยวกับการพิสูจน์บุคคลและการศึกษาเกี่ยวกับพันธุศาสตร์ประชากรได้

Mahidol University

Address: NAKHON PATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Worawee Waiyawuth

Role: Thesis Advisors

Created: 2004

Modified: 2020-04-21

Issued: 2010-02-08

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

ISBN: 9740446604

CallNumber: TH P898a 2004

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Forensic Science

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4436857.pdf	1.75 MB	28	2021-01-16 08:31:52

ใช้เวลา

-0.551609 วินาที