Evaluation of microsatellite loci polymorphism in the Asian elephant, Elephas maximus

การประเมินความแปรผันทางพันธุกรรมของตำแหน่งไมโครแซทเทลไลท์ในช้างไทย ‪(Elephas maximus)‬

Name: Chomcheun Siripunkaw

LCSH: Asiatic elephant

LCSH: Elephant -- Speciation

LCSH: Genetic polymorphisms

LCSH: Microsatellites (Genetics)

Abstract: Microsatellites are now being widely used as highly informative genetic markers for studying molecular ecology in various organisms, including in endangered species. This research intends to use highly polymorphic microsatellite loci to generate markers for individual identification of the Asian elephant with sufficient reliability for application in future ecological study of wild the Asian elephant. The study simply took the advantages of using 8 pairs of cross-species primers that had been developed from African elephant (LafMS01, LafMS02, LafMS03, LafMS04, FH48, FH60, FH94, and FH102) for trial of Polymerase Chain Reaction (PCR) on the captive Asian elephant without the need of developing species-specific primers. The potential of cross-species primers was supported with their efficiencies of amplifying orthologous loci of 98% from DNA derived from blood samples and 63% from DNA derived from dung samples. Thus it is possible to infer that microsatellite primer binding sites of these loci have been conserved through 5 million years of evolutionary divergence. The genotyping results of amplified microsatellite fragment sizes using DNA derived from blood as templates were used for evaluation of microsatellite polymorphism. The most polymorphic loci, ranked from the most polymorphic to the least were as follows: FH102 (with 9 existing alleles, H0 of 0.85 and 32 available genotypes), LafMS03 (with 7 existing alleles, H0 of 0.75 and 18 available genotypes), FH94 (with 6 existing alleles, H0 of 0.70 and 12 available genotypes), LafMS01 (with 4 existing alleles, H0 of 0.70 and 5 available genotypes), FH60 (with 5 existing alleles, H0 of 0.65 and 8 available genotypes), LafMS02 (with exiting alleles of 3, H0 of 0.40 and 4 available genotypes), FH48 (with 3 existing alleles, H0 of 0.056 and 3 available genotypes), and LafMS04 (with existing alleles of 3 and H0 of 0.05 and 3 available genotypes). Genotyping using 4 loci-genotyping, a multi-locus genotyping approach, of FH102, LafMS03, FH94 and FH60, reveal the possibility in obtaining correct genotyping of DNA derived from dung samples of 56% and enable 55,296 available genotypes. However, the improvement of molecular techniques in order to aid extraction yield and increase PCR efficiency will increase the reliability of genotyping which uses microsatellite markers for non-invasive genotyping to study this freeranging animal

Abstract: ในปัจจุบันเทคนิคทางอณูชีววิทยาสามารถนำมาประยุกต์อย่างกว้างขวางและเอื้อประโยชน์ในการศึกษา เชิงนิเวศวิทยาของสิ่งมีชีวิตนานาชนิด รวมถึงสิ่งมีชีวิตที่เสี่ยงต่อการสูญพันธุ์ด้วย งานวิจัยนี้มุ่งเน้นการศึกษาความ หลากหลายทางพันธุกรรมของไมโครแซทเทลไลท์ (microsatellite) เพื่อนำมาประยุกต์ในการจำแนกช้างแต่ละตัว ทั้งนี้เพื่อเป็นฐานข้อมูลในการศึกษาเชิงนิเวศวิทยาและการอนุรักษ์ช้างป่าของไทยต่อไป การศึกษานี้ได้ใช้เทคนิค การเพิ่มจำนวนดีเอ็นเอด้วยวิธี polymerase chain reaction (PCR) และได้นำไพรเมอร์ (primers) ที่ใช้ในการเพิ่ม จำนวนชิ้นดีเอ็นเอ ของไมโครแซทเทลไลท์ ซึ่งเคยใช้ในการศึกษาช้างแอฟริกัน (Loxodonta Africana) จำนวน 8 ตำแหน่ง (loci)ได้แก่ LafMS01, LafMS02, LafMS03, LafMS04, FH48, FH60, FH94, and FH102 มาทดสอบ ความเป็นไปได้ในการเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมของไมโครแซทเทลไลท์ ในตำแหน่งเดียวกันนี้ในช้างไทย (Elephas maximus) ซึ่งเป็นช้างเลี้ยงจำนวน 20 เชือก ทั้งนี้พบว่าไพรเมอร์ดังกล่าวมีความสามารถในการเพิ่ม ปริมาณสารพันธุกรรมที่สกัดจากตัวอย่างเลือดช้างและจากตัวอย่างมูลช้าง 98% และ 63% ตามลำดับ ทำให้สามารถ คาดคะเนได้ว่า primer annealing site หรือตำแหน่งจับที่จำเพาะของไพรเมอร์กับดีเอ็นเอตั้งต้น (DNA template)ได้ ถูกอนุรักษ์ไว้ตลอดช่วงเวลา 5 ล้านปีนับตั้งแต่ช้างสองสายพันธุ์นี้ได้แยกวิวัฒนาการออกจากกัน ในการศึกษานี้ได้ ประเมินความแปรผันทางพันธุกรรม โดยพิจารณาจากจำนวนอัลลีล (allele) ที่พบและค่าแสดงจำนวนลูกผสม (heterozygosity) จากข้อมูลการศึกษาสารพันธุกรรมจากเลือดพบว่าตำแหน่ง FH102 มีความแปรผันทางพันธุกรรม สูงสุด และรองมาคือตำแหน่ง LafMS03, FH94, FH60, LafMS01, LafMS02, FH48 และ LafMS04 ตามลำดับ ซึ่ง ถ้าพิจารณาเลือกไมโครแซทเทลไลท์ตำแหน่งที่มีความหลากหลายทางพันธุกรรมสูงจำนวน 4 ตำแหน่ง (FH102, LafMS03, FH94, และ FH60) มาทำการจีโนไทป์ (genotyping) ขนาดของอัลลีลโดยใช้สารพันธุกรรมจากมูลช้าง จะมีโอกาสจีโนไทป์ได้อย่างแม่นยำ56% และมีจำนวนชนิดจีโนไทป์ได้สูงสุด 55,296 ชนิด อย่างไรก็ตามสารพันธุ กรรมที่สกัดได้จากมูลช้างนั้นมักจะมีคุณภาพและปริมาณต่ำ ซึ่งมักจะก่อให้เกิดความผิดพลาดในการจีโนไทป์สูง ดังนั้นเทคนิคทางอณูชีววิทยาในการสกัดและเพิ่มปริมาณสารพันธุ-กรรม (PCR) น่าจะสามารถเพิ่มประสิทธิภาพ การใช้ไมโครแซทเทลไลท์เหล่านี้ในการศึกษาทรัพยากรสัตว์ป่าได้ดียิ่งขึ้นต่อไป

Mahidol University

Address: NAKHON PATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Brockelman, Warren Y.

Role: Thesis Advisors

Created: 2003

Modified: 2553-03-22

Issued: 2009-12-01

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

ISBN: 9740436218

CallNumber: TH C548e 2003

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Environmental Biology

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4137551.pdf	2.72 MB	71	2026-05-26 18:16:01

ใช้เวลา

0.317118 วินาที