ความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการของกุ้งสกุล Metapenaeus บางชนิดที่พบทางภาคตะวันออกของประเทศไทยโดยการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน 16S rRNA และ COI บนไมโทคอนเดรีย

Phylogenetic relationships among selected metapenaeus shrimp found in eastern Thailand based on mitochondrial coi and 16S rRNA genes

Name: วนิสา กัณฑมณี

keyword: กุ้ง

; ไมโตคอนเดรีย

Abstract: การศึกษานี้วิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการของกุ้งสกุล Metapenaeus และกุ้งบางสกุลในครอบครัว Penaeidae ที่พบทางภาคตะวันออกของประเทศไทยและที่ปรากฏในฐานข้อมูล GenBank โดยใช้ข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์บางส่วนของยีน 16S rRNA และCOI บนไมโตคอนเดรีย และสร้างแผนภูมิแสดงความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการ (Phylogenetic Tree) ด้วย 3 วิธี คือ Maximum Parsimony (MP) Neighbor-Joining (NJ) และ Maximun Likelihood (ML) สายนิวคลีโอไทด์ของยีน COI ที่ใช้มีความหลากลายนิวคลีโอไทด์สูงกว่ายีน 16S rRAN (ค่าความหลากหลายนิวคลีโอไทด์ของยีน 16S rRAN และ COI = 0.115 และ 0.159 ตามลำดับ) สายนิวคลีโอไทด์ของยีน COI ยังสามารถบ่งชี้ความแตกต่างระหว่างชนิดกุ้งที่มีความใกล้ชิดทางพันธุกรรมได้ดีกว่าสายนิวคลีโอไทด์ของยีน 16S rRNA (ระยะห่างทางพันธุกรรม GTR ระหว่าง Metapenaeus tenuipes และ M. brebicornis = 0.018 และ 0.122 เมื่อคำนวณจากข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน 16S rRNA และ COI ตามลำดับ) Phylogenetic Tree ส่วนใหญ่แสดงการจัดหมวดหมู่ในระดับสกุลทิศทางเดียวกันแต่มีรายละเอียดของความสัมพันธ์ภายในสกุลที่แตกต่างกันขึ้นอยู่กับสายนิวคลีโอไทด์และวิธีการสร้างแผนภูมิ การจัดกลุ่มในระดับสกุลมักแบ่งเป็น 2 กลุ่มใหญ่ ๆ คือ (1) สกุล Metapenaeues + Parapenaeopsis + Trachypenaeus และ (2) สกุล Fenneropenaeus + Penaeus + Litopenaeus + Masupenaeus + Melicertus การจัดหมวดหมู่ภายในสกุล Metapenaeus, Fenneropenaeus และ Litopenaeus สนับสนุนการจัดหมวดหมู่โดยใช้สัณฐานวิทยา แต่การจัดหมวดหมู่ภายในสกุล Marsupenaeus, Melicertus, Trachypenaeus และ Parapenaeopsis ประกอบด้วยกุ้งมากกว่าหนึ่งสกุล ส่วนการจัดกลุ่มภายในสกุล Metapenaeus แสดงความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการที่ใกล้ชิดกันภายในสกุล โดย M. breviocornis (ค่า Bootstrap = 66-99%) มีความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมใกล้ชิดกับ M. tenuipes (ทุกการวิเคราะห์) และ M. ensis มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดทางพันธุกรรมกับ M. affinis (ยีน COI ส่วน M. moyebi มีความแตกต่างทางพันธุกรรมจากกุ้ง Metapenaeus ชนิดอื่น ๆ มากที่สุด ข้อมูลที่ได้เป็นพื้นฐานสำคัญสำหรับการศึกษาทางชีววิทยา และนิเวศวิทยาของกุ้งทะเลสกุล Metapenaeus

Abstract: The phylogenetic relationships among selected Metapenaeus shrimp species and some genuses of the family Penaeidae from the east coast of Thailand and from the GenBank database were examined using partial sewuences of mitochondrial 16S rRNA (429 bp) and COI (741 bp) phylogenetic tree building metlding metnods, Maximum Parsimony (MP), Neighbor-Joining (NJ) and Maximum Likdlihood (ML). The COI gene in this study revealed higher levels of polymorphism than 16S rRNA gene (nucleotide diversity = 0.115 and 0.159 for 16S rRNA and COI genes respectively1). Also, the COI gene had higher resolution to differentiate closely-related species (GTR genetic distance values between Metapenaeus tenuipes and M. Brevicornis = 0.018 and 0.122 for values calculated from COI and 16S rRNA genes, respectively). At a genus level, most phylogenetic trees suggested two clades, (1) Metapenaeus + Parapenaeopsis+ Trachypenaeus และ (2) Fenneropenaeus + Penaeus + Litopenaeus + Masupenaeus + Melicertus. All analyses for both for both genes did not agree on phylogenetic relationship within some genuses. Molecular data supported the clustering of species within some genuses, namely Metapenaeus, Fenneropenaeus and Litopenaeus but did not support those of genuses Marsupenaeus, Melicertus, Trachypenaeus and Parpenaeopsis. Within genus Metapenaeus (bootstrap values = 66-99%), most closely related species included (1) M. brevicornis and M/ tenuipes (all topologies) and (2) M. ensis and M. affinis (COI gene). Metapenaeus moyebi was most distanty related to other Metapenaeus species. The results provided fundamental knowledge for investigation of biology and ecology of Metapenaeus spp.

มหาวิทยาลัยบูรพา. สำนักหอสมุด.

Address: ชลบุรี (Chonburi)

Email: buulibrary@buu.ac.th

Name: วันศุกร์ เสนานาญ

Role: ประธาน

Name: นงนุช ตั้งเกริกโอฬาร

Role: กรรมการ

Name: สุดารัตน์ สวนจิตร

Role: กรรมการ

Created: 2550

Issued: 2550-08-28

Modified: 2550-09-03

วิทยานิพนธ์/Thesis

tha

DegreeName: วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Level: ปริญญาโท

Descipline: วาริชศาสตร์

Grantor: มหาวิทยาลัยบูรพา

©copyrights มหาวิทยาลัยบูรพา

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	title.pdf	373.08 KB	44	2020-11-09 12:18:37
2	chapter1.pdf	175.5 KB	47	2020-11-09 12:20:53
3	chapter2.pdf	1.03 MB	53	2020-11-09 12:08:08
4	chapter3.pdf	365.71 KB	51	2020-11-09 12:21:40
5	chapter4.pdf	552.6 KB	49	2020-11-09 12:22:44
6	chapter5.pdf	308.24 KB	39	2020-11-09 12:23:48
7	bibliography.pdf	167.86 KB	30	2020-11-09 12:24:39
8	appendix.pdf	129.05 KB	23	2020-11-09 12:25:48

ใช้เวลา

0.059603 วินาที