Analysis of DNA fingerprint and polysaccharide constituent in Durian cultivars

การวิเคราะห์ลายพิมพ์ดีเอ็นเอร่วมกับองค์ประกอบพอลีแซคคาไรด์ในทุเรียนต่างสายพันธุ์

Name: Onanong Nuchuchua

LCSH: DNA

LCSH: DNA fingerprinting

LCSH: Polysaccharides

LCSH: Durian

Abstract: Polysaccharide Gel (PG) from fruit-rinds of durian (Durio zibethinus Merr.) is a pectic polysaccharide, according to prior studied, the polysaccharide exhibits antibacterial activity and immunomodulatory activity. PG have found to be useful for food and pharmaceutical applications such as jelly, tabet coating film dressing, antiseptic gel, PG teat dip for protecting bovine mastitis, etc. Interestingly, PG from durian cultivars, ‘Chani’ ‘Pauenmuang’ (native cultivar) and ‘Monthong’ from Chumporn province, have the different bactericidal potency. In this study aimed to characterize and identify the difference between durian cultivars and between cultivated areas in molecular level together with bioactive PG in fruit-rinds. The cultivated-durians, ‘Kradumthong’, ‘Monthong’ and ‘Chani’ from Chanthaburi province; ‘Pauenmuang’, ‘Monthong’ and ‘Chani’ from Chumporn province were investigated. The matK gene in chloroplast genome of these durians was 1,509 bp in length. In comparison with the previous reported in GenBank, accession no. AY321188. The matK of ‘Pauenmuang’ cultivar presented either adenosine or cytosine substitutions at the position 275, whereas ‘Monthong’ and ‘Chani’ cultivars from both provinces, and ‘Kradumthong’ from Chanthaburi province presented the cytosine substitutions at the same position as same as the previous reported in GenBank. The matK sequences of all tested durian cultivars were also found the cytosine and thymidine substitutions at the position 860 and 862, respectively. The results provided not enough information to characterize the variation of durian cultivars then the matK gene was not suitable to be used as the molecular marker for durian identification in this study. In addition, the preliminary RAPD study indicated that these durian cultivars exhibited genetic variation. The DNA profiles showed the specific patterns of different durian cultivars. The dendrogram was constructed by unweighted pair group method with arithmetic averages, UPGMA. Durian cultivars can be divided into two main groups, native planted ‘Pauenmuang’ and commercially cultivated (‘Monthong’, ‘Chani’ and ‘Kradumthong’). The results of PG analysis showed that PG analysis showed that PG of ‘Monthong’ fruit-rinds from both provinces gave the highest percentage of the total yield (P<0.05) and also the highest viscosity (P<0.05). The pH range of PG was 2.437-2.526. The important major sugar,galacturonic acid content, in PG from ‘Kradumthong’ cultivars was the highest. The results of the galacturonic acid content in PG was not significantly different (P>0.05) within the same cultivars, but significantly different (P<0.05) from different durian cultivars. The results suggested that The polymorphic band profiles of RAPD could be used as molecular marker for identification durian cultivars together with the galacturonic acid content in PG in durian-rinds.

Abstract: สารสกัดเจลพอลีแซคคาไรค์ (PG) จากเปลือกทุเรียน (Durio zibethinus Merr.) ที่มีการศึกษามาก่อนแล้ว พบว่าเป็นสารประเภทเพคตินมีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียและสามารถกระตุ้นระบบภูมิคุ้มกันได้ สารสกัด PG สามารถใช้เป็นสารช่วยเตรียมเภสัชภัณฑ์และอาหาร เช่น เยลลี่ ยาเม็ดเคลือบ แผ่นฟิล์มปิดแผล เจลฆ่าเชื้อและผลิตภัณฑ์เจลจุ่มเต้านมวัวป้องกันโรคเต้านมวัวอักเสบ เป็นต้น ผลการทดลองก่อนหน้านี้ที่สนใจ คือ PG จากเปลือกทุเรียนพันธุ์ชะนี พื้นเอง และหมอนทองจากจังหวัดชุมพรมีความแรงในการต้านเชื้อแบคทีเรียแตกต่างกัน ในการศึกษาครั้งนี้มีจุดประสงค์เพื่อศึกษาคุณลักษณะและจำแนกทุนเรียนในระดับโมเลกุลของทุเรียนต่างสายพันธุ์และต่างพื้นที่เพาะปลูก ได้แก่ ทุเรียนกระดุมทอง หมอนทอง และชะนีจากจังหวัดจันทบุรี และทุเรียนพื้นเมือง หมอนทองและชะนี จากจังหวัดชุมพร และนำข้อมูลมาเปรียบเทียบกับคุณสมบัติของสาร PG ที่มีฤทธิ์ชีวภาพจากทุเรียนต่างสายพันธุ์และต่างพื้นที่การศึกษาลำดับเบสดีเอ็นเอของยีน matK ในคลอโรพลาสต์ของทุเรียนต่างสายพันธุ์มีความยาวทั้งหมด 1,509 bp เปรียบเทียบกับลำดับของยีน matK ของทุเรียนที่การศึกษาก่อนหน้านี้ในฐานข้อมูล GenBank (AY321188) ในยีน matK ที่ตำแหน่ง 275 ของทุเรียนพันธุ์พื้นเมืองเป็นเบสอะดีนีน (A) หรือ ไซโทซีน (C) ในขณะที่ทุเรียนพันธุ์กระดุมทอง หมอนทอง และชะนีจากทั้ง 2 จังหวัด เป็นเบสไซโทซีนเหมือนข้อมูลใน GenBank ส่วนที่ตำแหน่งของ 860 และ 862 ของทุเรียนทุกสายพันธุ์เป็นเบสไซโทซีน (C) และไธมีน (T) ตามลำดับ จากข้อมูลของ matK มีความแตกต่างน้อย ยังไม่เหมาะสมที่จะใช้เป็นเครื่องหมายทางโมเลกุล จึงทำการศึกษาเพิ่มเติมโดยเทคนิค RAPD ในเบื้องต้นระบุได้ว่ามีการแปรผันทางพันธุกรรมของทุเรียนต่างสายพันธุ์และให้รูปแบบดีเอ็นเอของแต่ละสายพันธุ์ที่มีลักษณะเฉพาะ เมื่อวิเคราะห์ด้วยวิธี Unweighted pair group method with arithmetic averages หรือ UPGMA สามารถแบ่งทุเรียนออกได้เป็น 2 กลุ่มหลักคือ ทุเรียนพื้นเมืองที่เป็นพันธุ์ดั้งเดิมและทุเรียนสายพันธุ์เพาะปลูก (กระดุมทอง หมอนทอง และชะนี) การวิเคราะห์คุณสมบัติสารสกัด PG พบว่าเปลือกทุเรียนหมอนทองให้ปริมาณ PG และมีความหนืดของสารละลายมากที่สุดด้วยเช่นกัน (p<0.05) สารละลาย PG ของทุเรียนทุกสายพันธุ์มี pH อยู่ในช่วง 2.437-2.526 PG จากเปลือกทุเรียนพันธุ์กระดุมทองมีปริมาณของน้ำตาล Galacturonic acid มากที่สุดอย่างมีนัยสำคัญ ผลการทดลองหาปริมาณของน้ำตาล Galacturonic acid ใน PG ในสายพันธุ์เดียวกันให้ค่าไม่แตกต่างกัน (p>0.05) และพบว่ามีปริมาณ Galacturonic acid ใน PG แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญเมื่อสกัดมาจากต่างสายพันธุ์กัน จากผลการทดลองอาจเสนอแนะได้ว่าเทคนิค RAPD สามารถใช้เป็นเครื่องหมายทางโมเลกุลร่วมกับองค์ประกอบของน้ำตาล Galacturonic acid ของ PG ในการจำแนกทุเรียนต่างสายพันธุ์ได้

Chulalongkorn University. Center of Academic Resources

Address: BANGKOK

Email: cuir@car.chula.ac.th

Name: Sunanta Pongsamart

Role: advisor

Name: Suchada Sukrong

Role: advisor

Created: 2006

Modified: 2010-11-20

Issued: 2010-11-20

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

eng

DegreeName: Master of Science in Pharmacy

Level: Master's Degree

Descipline: Biochemistry

Grantor: Chulalongkorn University

©copyrights Chulalongkorn University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	onanong.pdf	2.25 MB	83	2024-12-19 10:41:44

ใช้เวลา

0.040341 วินาที