Construction of a Genome Annotation Syatem for Spirulina platensis C1 (I)

การสร้างระบบสำหรับตำแหน่งและทำหมายเหตุยีนในจีโนม สำหรับ Spirulina platenis C1 (I)

MethyCancer : An Interglated Research Platform form the Study of DNA Methyltion and Cancer (II)

MethyCancer แพลทฟอร์มเบ็ดเสร็จสำหรับการศึกษา DNA methylation และ โรคมะเร็ง (II)

Name: Kanthida Kusonmano

Name: กานต์ธิดา กุศลมโน

keyword: Spirulina platensis

; Genome Annotation System

Abstract: โครงการลำดับหาคู่เบสของสาย DNA ทั้งหมดของสาหร่ายสไปรูลิน่า ( Spirulina platenis C1 ) มีจุดมุ่งหมายเพื่อจะระบุตำแหน่งยีน และ ผลิตภัณฑ์ของยีนทั้งจีโนม อันจะทำให้เราเข้าใจข้อมูลทางชีววิทยาของสาหร่ายสไปรูลิน่าได้อย่างลึกซึ้ง เพื่อจัดการข้อมูลที่เกิดจากโครง การการหาลำดับพันธุกรรม ( genome sequencing project ) และให้นักวิทยาศาสตร์สามารถเข้าถึงข้อมูลเพื่อสำรวจและดึงความรู้ออกจาก ข้อมูลในสาหร่ายเกลียวทองนั้น ระบบการระบุตำแหน่งยีน ( genome annotation system ) จึงถูกพัฒนาขึ้น ระบบดังกล่าวรับข้อมูลเข้าเป็น สายลำดับของ DNA ผลการระบุตำแหน่งยีนจากการคำนวนทางคอมพิวเตอร์ และให้ฐานข้อมูลเชิงสัมพันธ์เพื่อจัดเก็บลำดับคู่เบส ข้อมูล การระบุตำแหน่งยีน และข้อมูลการระบุตำแหน่งยีนที่ได้รับการตรวจสอบผ่านทางหน้าเว็บอันมีการแสดงผลอย่างเป็นรูปภาพ ลักษณะเด่น ของระบบประกอบด้วย (1) การเข้าถึงสายลำดับ DNA ผ่านการนำเสนอด้วยภาพ ไมโครไตเตอร์เพลท (microtiter plate) เพื่อเข้าถึงชิ้นส่วน DNA ที่ถูกอ่านมาจากเครื่องหาการเรียงตัวคู่เบส อันทำให้ผู้เชี่ยวชาญสามารถติดตามผลการทดลองในช่วงต่างๆ ได้ (2) ระบบการตรวจ สอบการระบุตำแหน่งยีนด้วยคอมพิวเตอร์แบบรูปภาพที่แสดงให้เห็นถึงความสัมพันธ์ของคอนทีค (contig) บริเวณการสร้างโปรตีน (ORF) และผลการระบุตำแหน่งยีน ช่วยให้ผู้เชี่ยวชาญสามารถตรวจสอบผลการระบุตำแหน่งยีนอย่างอัตโนมัติได้ (3) การค้นหาความเหมือนของ ลำดับเบส ( similarity search ) โดยมีสายลำดับเบสของสาหร่ายสไปรูลิน่าเป็นฐานข้อมูล นอกจากนี้เพื่อทำนายหน้าที่ให้กับ hyprothetical protiens ระบบยังให้ซอฟแวร์นี้ถูกสร้างขึ้นบนพื้นฐานของวิธีที่เรียกว่า Rossetta stone อันเป็นวิธีหนึ่งในการวิเคราะห์จีโนมโดยบริบท ซึ่งหาความสัมพันธ์ระหว่างยีนที่มีอยู่อย่างแยกกันในสิ่งมีชีวิตหนึ่ง โดยภาพรวมของระบบนี้ช่วยจัดการข้อมูลอย่างเป็นระเบียบ นำเสนอข้อ มูลเป็นรูปภาพสำหรับการติดตามโครงงาน และตรวจสอบพร้อมทั้งระบุตำแหน่งยีนพร้อมหน้าที่สำหรับผู้เชี่ยวชาญ รวมถึงการให้บริบท เพื่อหาหน้าที่ให้กับ hyprothetical protiens

Abstract: The Spirulina platensis C1 genome sequencing project aims to identify genes and their products encoded by its entire genome. It is speculating that the information gained will contribute to an insight understanding into the biology of Spirulina. To organize data from the genome sequencing project and provide scientists easily access to explore and extract annotation information of S. platensis C1, an annotation pipeline has been developed. The s ystem accepts raw DNA sequences and computational annotation records as inputs and offers relational database storing sequencing and corresponding annotation information that can be manually curated through a graphical wep interface. The database is designed to contain DNA sequences, computational annotation, history log of human curation. Main features of pipeline are (i) accession of raw DNA sequences through graphical representation of microtiter plates that contain DNA fragment reads from the sequencer, providing the ability to easily trace back to various versions of sequencing data, (ii) curation system, showing not only the annotation result in text mode but also graphical picture of relations among contigs, ORFs, and annotation information, which help human expert to determine automatic annotations on curation process, (iii) similarity search process against S. platensis C1 sequences. For annotating hyprothetical proteins, the pipeline also provides a tool implemented one kind of the genome context analysis method. The tool is based on Rosetta stone method providing functional linkage of event that proteins found separately in one organism can be found fused into a single polypeptide chain in another organism. The predicted functional linkage can be used to infer function if one of two separate proteins is a hyprothetical protein. The overall system promote good data organization, visualization for genome monitoring and manual annotation processes, as well as annotation of hyprothetical protein

King Mongkut's University of Technology Thonburi. KMUTT Library.

Address: BANGKOK

Email: info.lib@mail.kmutt.ac.th

Name: Sansanalak Rachdawong

Role: Advisor

Created: 2007

Modified: 2012-02-07

Issued: 2009-10-17

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: BIF41

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Production Engineering

Grantor: King Mongkut's University of Technology Thonburi

©copyrights King Mongkut's University of Technology Thonburi

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	BIF41.pdf	8.78 MB	51	2022-01-10 00:17:44
2	BIF41ab.pdf	248.82 KB	16	2018-05-10 22:42:22

ใช้เวลา

0.032383 วินาที