Development of User Friendly Interface for Yeast Genome-scale Model

การพัฒนาหน้าต่างที่ง่ายสำหรับแบบจำลองระดับยีนของยีสต์

Name: Somkid Bumee

Name: สมคิด บุมี

keyword: Genome-Scale Models

Abstract: Many genome-scale models of various organisms such as Saccharomyces cerevisiae, Mycobacterium tuberculosis, and Plasmodium falciparum have been developed in our research group using the integration of genome annotations and computational flux balance-based analysis. However, result of model always comes out in complicated which are hard to analysis. Therefore, we focus on development of the graphical user interface to help us analyze the genome-scale modeling. Construction of model requires basic knowledge of flux balance analysis. However, the format of constructed model is also complicated form for users or biologists. Therefore, this research aims to develop a graphical user interface (GUI) applied for genome-scale model. This GUI, based on Visual Basic environment and visual basic algorithm, facilitates a user to readily edit the model and change input information. The interfaces also have a visualization platform that helps a user to analyze and interpret the model output such as pathway maps and optimal flux distribution under various conditions by applying this interface with the genome-scale of S. cerevisiae. Applying this interface with the genome-scale of S. cerevisiae, we hope to easily perform in silico experiments to study the genotype-phenotype relationship of yeast under changing genetic and environmental conditions. Advantage of this platform is to reduce the complicated task and time consuming for modeling that are easily analyze for biologists.

Abstract: กลุ่มนักวิจัยพัฒนาแบบจำลองระดับยีนของสิ่งมีชีวิตหลายชนิด เช่น ยีสต์ (Saccharomyces cerevisiae) ไมโครแบคทีเรีย (Mycobacterium tuberculosis) และพลาสโมเดียม (Plasmodium falciparum) โดยอาศัยข้อมูลของยีนทั้งหมดของสิ่งมีชีวิต และหลักการของการวิเคราะห์หาอัตราเร่งของปฏิกิริยา แต่อย่างไรก็ตามแบบจำลองที่ถูกสร้างขึ้นนั้นยังคงมีความยุ่งยากซับซ้อนในการวิเคราะห์ ดังนั้นเราจึงต้องการพัฒนาหน้าต่างแบบจำลองเพื่อช่วยการวิเคราะห์แบบจำลองระดับยีนของสิ่งมีชีวิต การพัฒนาแบบจำลองของสิ่งมีชีวิตต้องรู้พื้นฐานทางด้านการวิเคราะห์หาอัตราเร่งของปฏิกิริยา แต่อย่างไรก็ตามแบบจำลองที่สร้างขึ้นยังคงมีความยุ่งยากซับซ้อน ดังนั้น งานวิจัยนี้มุ่งพัฒนาหน้าต่างแบบจำลองระดับยีนของสิ่งมีชีวิต (Graphical user interface; GUI) ที่ประยุกต์ใช้กับยีสต์หน้าต่างของแบบจำลองที่ถูกพัฒนาขึ้นด้วยภาษาวิชวลเบสิคและเวคเตอร์กราฟฟิคอัลกอริทึม ช่วยให้ผู้ใช้สามารถเปลี่ยนแปลงแก้ไขแบบจำลองของสิ่งมีชีวิตและเปลี่ยนแปลงค่าต่างๆ ของแบบจำลองของสิ่งมีชีวิต นอกจากนี้หน้าต่างของแบบจำลองของสิ่งมีชีวิตยังแสดงรูปแบบที่ช่วยให้ผู้ใช้สามารถวิเคราะห์และแปลผลของของแบบจำลองของสิ่งมีชีวิต เช่น การแสดงเครือข่ายของปฏิกิริยาและการหาค่าของอัตราของปฏิกิริยาภายใต้สภาวะต่างๆที่ถูกกำหนดขึ้น โดยการประยุกต์หน้าต่างแบบจำลองกับแบบจำลองยีสต์ (S. cerevisiae) และเราหวังว่าการประยุกต์ใช้หน้าต่างแบบจำลองของสิ่งมีชีวิต โดยอาศัยยีสต์นั้นจะเป็นรูปแบบที่ง่ายในการทดลองในคอมพิวเตอร์ เพื่อใช้ศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างยีนและลักษณะการแสดงออกของยีนภายใต้การเปลี่ยนแปลงประโยชน์ของหน้าต่างที่สร้างขึ้นนั้น คือ สามารถลดเวลาในการวิเคราะห์ซึ่งง่ายต่อนักชีววิทยา

King Mongkut's University of Technology Thonburi. KMUTT Library

Address: BANGKOK

Email: info.lib@mail.kmutt.ac.th

Name: Vajirasak Vanijja

Role: Advisor

Created: 2004

Modified: 2556-03-29

Issued: 2556-03-28

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: BIF17

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Bioinformatics

Grantor: King Mongkut's University of Technology Thonburi

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	BIF17.pdf	4.89 MB	10	2018-06-02 13:07:26
2	BIF17ab(I).pdf	31.53 KB	4	2018-06-02 13:07:28

ใช้เวลา

0.030424 วินาที