Functional variability of HIV-1-REV response element

ความผันแปรในหน้าที่ของเรฟเรสปอนซ์อีลีเมนท์ของเอชไอวี-1

Name: Angsana Phuphuakrat

MeSH: Genes, env

MeSH: HIV-1

LCSH: Variability (Psychometrics)

Abstract: HIV-1 Rev response element (RRE) is essential for efficient expression of intron-containing transcripts of HIV-1. Although the element is situated in the relatively conserved region of the virus, certain degree of variation was observed. The objective of this study is to determine the range of HIV-1 RRE variation in its primary sequence, the secondary structure and the functional variability. From 894 RRE sequence analysis, primary sequence variation was found to be scattered throughout the RRE region, while only a few contributed to the secondary structure alteration. Pilot investigation of RRE function on a set of 10 primary isolates showed considerable level of variation in RRE activity. Both the mechanisms in unspliced RNA nuclear export and translation enhancement contributed to differences in RRE activity. In a cohort study of 21 HIV-1 infected individuals, functional variability of RRE was assessed at two different time points during follow up period. Although RRE activity did not correlate with rates of CD4+ cell decline at the early time point, there was a statistically significant difference between progressor and slow/nonprogressor groups at the late time point (P = 0.004, Mann-Whitney U test, 2-tailed). Furthermore, RRE activity at the late time point showed an inverse correlation with rates of CD4+ cell decline based on Spearman’s correlation coefficient, (r = - 0.624, P = 0.01). These results suggested that variation of RRE may play important roles in modulation of virus replication and disease progression.

Abstract: เรฟเรสปอนซ์อีลีเมนท์ (RRE) เป็นส่วนสำคัญที่เอชไอวี-1 จำเป็นต้องใช้ในการแสดงออก ของอาร์เอ็นเอที่ยังมีอินทรอน (intron) อยู่ ความผันแปรของเรฟเรสปอนซ์อีลีเมนท์เกิดขึ้นได้ ถึงแม้ว่าจะอยู่บนยีนในส่วนที่ค่อนข้างคงที่เมื่อเทียบกับส่วนอื่นๆ ของไวรัส ในการศึกษานี้ได้ทำ การวิเคราะห์ความผันแปรของเรฟเรสปอนซ์อีลีเมนท์ทั้งในระดับนิวคลีโอไทด์ (nucleotide) โครงสร้างทุติยภูมิ (secondary structure) และหน้าที่ จากการศึกษาพบการเปลี่ยนแปลงในระดับ นิวคลีโอไทด์กระจายอยู่ทั่วไปในเรฟเรสปอนซ์อีลีเมนท์ ในขณะที่มีการเปลี่ยนแปลงในระดับ รูปร่างทุติยภูมิไม่มากนัก การศึกษาเบื้องต้นเกี่ยวกับหน้าที่ของเรฟเรสปอนซ์อีลีเมนท์ในเชื้อไวรัสที่ ได้มาจากผู้ติดเชื้อ พบว่ามีความผันแปรมาก ส่วนหนึ่งของกลไกที่ทำให้เกิดความแตกต่างในหน้าที่ เป็นผลมาจากความสามารถในการนำอาร์เอ็นเอที่ยังมีอินทรอนของไวรัสออกจากนิวเคลียสมาสู่ ไซโตพลาสซึม และจากการส่งเสริมการแปลรหัส (translation) การศึกษาติดตามความแปรผันใน หน้าที่ของเรฟเรสปอนซ์อีลีเมนท์ในกลุ่มผู้ติดเชื้อเอชไอวี-1 ที่ได้รับการติดตามเป็นระยะเวลาต่าง ๆ (cohort) โดยแบ่งผู้ติดเชื้อเป็นสองกลุ่ม คือ กลุ่มผู้ติดเชื้อที่มีการดำเนินโรคปกติ และกลุ่มผู้ติดเชื้อ ที่มีการดำเนินโรคช้าหรือไม่มีการดำเนินโรคโดยใช้อัตราการลดลงของเซลล์ CD4 เป็นตัวบ่งชี้การ ดำเนินโรค และใช้การแสดงออกของ p24 เป็นตัวบ่งชี้ความสามารถของเรฟเรสปอนซ์อีลีเมนท์ พบว่า ในระยะเริ่มต้นของการติดเชื้อ ไม่พบความสัมพันธ์ระหว่างหน้าที่ของเรฟเรสปอนซ์อีลีเมนท์ และอัตราของการลดลงของเซลล์ CD4 แต่ในระยะหลังของการติดเชื้อ พบความแตกต่างอย่างมี นัยสำคัญทางสถิติระหว่างกลุ่มผู้ติดเชื้อที่มีการดำเนินโรคปกติ กับกลุ่มผู้ติดเชื้อที่มีการดำเนินโรคช้า นอกจากนั้น ในระยะหลังของการติดเชื้อ ความผันแปรในหน้าที่ของเรฟเรสปอนซ์อีลีเมนท์ยัง สัมพันธ์กับอัตราของการลดลงของเซลล์ CD4 การศึกษานี้ชี้ให้เห็นถึงความสำคัญของความผัน แปรในหน้าที่ของเรฟเรสปอนซ์อีลีเมนท์ต่อการเพิ่มจำนวนของไวรัส และอัตราการดำเนินโรค

Mahidol University

Address: NAKHON PATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Prasert Auewarakul

Role: Thesis Advisors

Created: 2004

Modified: 2020-11-03

Issued: 2010-01-28

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

ISBN: 9740443893

CallNumber: TH A593f 2004

eng

DegreeName: Doctor of Philosophy

Level: Doctoral Degree

Descipline: Medical Microbiology

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4238030.pdf	2.56 MB	20	2026-05-26 18:16:01

ใช้เวลา

-0.533596 วินาที