Molecular epidemiology of HIV-1 in Thailand : genetic analysis of the circulating strains

การศึกษาระบาดวิทยาระดับโมเลกุลและลักษณะทางพันธุกรรมของเชื้อเอชไอวีในประเทศไทย

Name: Piyanot Wirachsilp

MeSH: HIV-1 -- genetics

MeSH: Epidemiology, Molecular

LCSH: HIV infections -- Thailand -- Epidemiology

Abstract: Two HIV-1 strains circulated separately in distinct high-risk populations, HIV-1 subtype B among IDU and CRF01_AE among heterosexual transmitted in early HIV- 1 epidemic in Thailand. Subsequent studies revealed that CRF01_AE spreaded faster and predominated in the entire HIV-1 population. Recently, intersubtype recombination of HIV-1 strain was found in Thailand. Eight-hundred and twenty eight samples were collected from 1995 to 2004 from high-risk groups in Bangkok, northern, northeastern, and southern regions of Thailand. HIV-1 env nucleotide sequences were used for phylogenetic analysis of the circulating HIV –1 strain. By single HIV-1 region (env) genotyping, 97.3% of CRF01_AE and 2.7% of HIV-1 subtype B were found. The predominate of CRF01_AE was found in all geographic regions. Parallel analysis of HIV-1 gag and env gene demonstrated that 2.1% and 4.0% of recombinant HIV-1 strains were found using p17 and p24 region sequences, respectively. Recombinant gag gene was also found in the southern isolate. Phylogenetic analysis of HIV-1 isolated from IDU and heterosexual groups demonstrated a distinct cluster between these two groups. Genetic diversity and signature sequence patterns were also different with higher genetic diversity in IDU group (0.17). GPGQ V3 loop tip was found in both groups. Phylogenetic analysis of HIV-1 isolated from 20 provinces year 2002 suggested that there was no geographic distinction among HIV-1 CRF01_AE circulated in Thailand. Northern and northeastern isolates were more related than southern isolates which had the lowest genetic diversity of 0.13. GPGQ V3 loop tip was also found in isolates from all regions. Thai HIV-1 isolates from border areas in the north, the northeast, and coastal areas in the south, clustered with Myanmar, Vietnam, and Cambodian isolates, respectively. Transborder transmission of Thai isolates to neighboring countries was confirmed by the higer in genetic diversity of the Thai isolates. Two distinct clusters of HIV-1 subtype B’ and US B were found. The most recent common ancestor of subtype B MN strain in 2002-2004 isolates was assumed to be derived from USA in 1984 and circulated among men who had sex with men. Molecular epidemiological data of HIV-1 circulated in Thailand from this study will provide information useful for future vaccine design and surveillance program planning.

Abstract: ในระยะแรกของการระบาดของเชื้อเอชไอวีในประเทศไทย พบเชื้อสัปทัยป์บี และ CRF01_AE ระบาดใน กลุ่มผู้ฉีดสารเสพติด และกลุ่มที่ติดเชื้อจากการมีเพศสัมพันธ์ตามลำดับ แต่ต่อมาสัปทัยป์ CRF01_AE ได้ระบาดใน ทั้งสองกลุ่มเสี่ยง และยังมีการพบเชื้อเอชไอวีสายพันธุ์ลูกผสมในประเทศไทย ได้มีการเก็บตัวอย่างเลือดจำนวน 828 ตัวอย่างระหว่างปี 1995-2004 จากกลุ่มเสี่ยงต่างๆในแต่ละภาคของ ประเทศไทย เพื่อนำมาศึกษาความสัมพันธ์ต่างวิวัฒนาการของเชื้อเอชไอวีที่ระบาดในประเทศไทย การศึกษาสัปทัยป์โดยยีนส่วนเปลือกพบเชื้อสัปทัยป์ CRF01_AE 97.3% และสัปทัยป์บี 2.7% โดยสัปทัยป์ CRF01_AE เป็นสัปทัยป์ที่พบมากในทุกภาคของประเทศ เมื่อทำการศึกษาโดยใช้สองยีนเปรียบเทียบกันพบไวรัส ลูกผสม 2.1% และ 4.0% โดยส่วน p17 และ p24 ตามลำดับ นอกจากนี้ยังพบลูกผสมในส่วนgag จากเชื้อที่แยกได้ จากภาคใต้ การศึกษาความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการของเชื้อที่แยกจากกลุ่มติดเชื้อจากเพศสัมพันธ์ และผู้ฉีดสารเสพติด พบว่าเชื้อในสองกลุ่มมีความแตกต่างกัน โดยเชื้อจากกลุ่มผู้ฉีดสารเสพติดมี genetic diversity สูงกว่า (0.17) และ ส่วนปลาย V3 loop พบว่าเป็น GPGQ ในทั้งสองกลุ่ม การศึกษาความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการของเชื้อที่แยกได้จาก 20 จังหวัดในภาคต่างๆ เมื่อปี 2002 พบว่าไม่มี ความแตกต่างของเชื้อเอชไอวีที่แยกได้จากแต่ละภาคในประเทศไทย และเชื้อที่แยกได้จากทางภาคเหนือ และภาค ตะวันออกเฉียงเหนือมีความสัมพันธ์กันมากกว่าที่แยกได้จากภาคใต้ โดยเชื้อที่แยกจากภาคใต้มี genetic diversity น้อยที่สุด (0.13) พบส่วนปลาย V3 loop เป็น GPGQ ในทุกภาค เชื้อที่แยกได้จากบริเวณชายแดน และชายฝั่ง ที่ติดกับประเทศพม่า, เวียดนาม, และกัมพูชา มีความสัมพันธ์ กับเชื้อในประเทศเพื่อนบ้านเหล่านั้น ดังนั้นจึงเป็นไปได้ที่ เชื้อจากประเทศไทยได้แพร่เข้าไปสู่ประเทศเพื่อนบ้าน เนื่องจากเชื้อที่แยกได้จากประเทศไทยมี genetic diversity สูงกว่า ในการศึกษาความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการของเชื้อสัปทัยป์บี พบการแบ่งกลุ่มระหว่างเชื้อที่แยกได้ระหว่าง ปี 1995-2002 และ 2002-2004 โดยเชื้อที่แยกได้ในปีหลังมีความสัมพันธ์กับเชื้อเอชไอวีจากประเทศอเมริกาที่แยก ได้ในปี 1984 :ซึ่งอาจติดมาจากกลุ่มรักร่วมเพศ และยังคงระบาดอยู่ในกลุ่มรักร่วมเพศจนถึงปัจจุบัน ข้อมูลระบาดวิทยาระดับโมเลกุลจากการศึกษาครั้งนี้ สามารถนำไปใช้เพื่อวางแผนการทดสอบวัคซีน และ วางแผนการเฝ้าระวังการระบาดของเชื้อเอชไอวีในประเทศไทยได้

Mahidol University

Address: NAKHON PATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Ruengpung Sutthent

Role: Thesis Advisors

Created: 2006

Modified: 2010-06-22

Issued: 2009-07-28

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: TH P694mo 2006

eng

Spatial: Thailand

DegreeName: Doctor of Philosophy

Level: Doctoral Degree

Descipline: Medical Microbiology

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4436505.pdf	2.36 MB	34	2024-03-07 14:46:05

ใช้เวลา

-0.730484 วินาที