ตามที่โครงการ ThaiLIS  ได้เปิดให้บริการสำหรับประชาชนคนไทยสามารถเข้าถึงฐานข้อมูลเอกสารฉบับเต็มในรูปอิเล็กทรอนิกส์ และมีผู้สนใจเข้าใช้งานจำนวนมาก นับว่าเป็นสิ่งที่น่าภูมิใจที่คนไทยมีความสนใจในการศึกษาหาความรู้ และนำความรู้มาพัฒนาประเทศชาติ แต่มีบุคคลบางกลุ่มมีการใช้งานไม่เป็นไปตามเงื่อนไขการใช้งาน โครงการจึงขอให้หยุดการกระทำดังกล่าว รวมทั้งกรณีการรับจ้างทำวิทยานิพนธ์โดยการใช้ข้อมูลของโครงการ และการคัดลอกวิทยานิพนธ์ ทั้งนี้ โครงการ ThaiLIS ได้ดำเนินการประสานงานกับหน่วยงานในมหาวิทยาลัยต่าง ๆ เพื่อให้บริการตรวจสอบข้อมูลวิทยานิพนธ์ ป้องกันการใช้งานผิดวัตถุประสงค์อีกทางหนึ่ง